Diseño e implementación de algoritmos de inferencia molecular con mpi en Python

Abstract

pyUPGMA es una aplicación BioInformática de Alto Rendimiento y es una muestra del trabajo interdisciplinario entre biología e informática. pyUPGMA, reconstruye computacionalmente la filogenia de un grupo de secuencias a partir del método de Agrupamiento No Ponderado con Media Aritmética, UPGMA. La filogenia es computacionalmente demandante porque el número de posibles soluciones se incrementa rápidamente a medida que aumenta el número de taxas. UPGMA es el método más simple para reconstrucción filogenética. pyUPGMA está desarrollado 100% en el lenguaje de programación Python con la librería de paso de mensajes pyMPI, la cual nos permitió paralelizar el método UPGMA, con lo cual se logra hacer uso del poder de cómputo de los Clúster. pyUPGMA recibe como datos de entrada un archivo con secuencias alineadas en formato FASTA, luego distribuye el trabajo en cada uno de los procesadores que conforman el Clúster Genomafl ubicado en el Centro de Cálculo Científico de la ULA (Mérida, Venezuela), finalmente obtenemos un archivo de datos en formato Newick con sus distancias evolutivas, el cual nos permitirá reconstruir el árbol filogenético en terceras aplicaciones.