Evaluación de cebadores de la reacción en cadena de la polimerasa para la identificación microbiana en consorcios metanogénicos

Abstract

Entre las fuentes no convencionales de gas conocidas de nuestro país, se encuentran los reservorios de metano de origen biogénico asociado a mantos de carbón. Este hecho, abre nuevas oportunidades para el desarrolló de biotecnologías que nos permitan estudiar las poblaciones bacterianas asociadas a la producción de metano. El presente trabajo pretendió diseñar cebadores específicos para la identificación de arqueobacterias metanogénicas, empleando las secuencias del gen ribosomal 16S a partir de la base de datos Ribosomal Database Project, y posteriormente, evaluar su efectividad para la amplificación por reacción en cadena de la polimerasa (PCR) de dicho gen, en DNA extraído de co- cultivos de carbón y cepas aisladas de mantos de carbón. También se evaluó la calidad del DNA, además de la efectividad de los cebadores específicos para bacterias y arqueobacterias metanogénicas reportados en la literatura. 1166 secuencias fueron alineadas y utilizadas para el diseño de cinco sets de cebadores que flanquean las regiones hipervariables V1-V8. La especificidad de los cebadores fue examinada de manera teórica a través del programa BLAST y empíricamente, por medio de amplificación por PCR. Los resultados de la amplificación muestran que el uso combinado de la lisis celular química, enzimática y física nos permiten obtener ADN de óptima calidad para manipulaciones moleculares, y que al menos un juego de cebadores es adecuado para la detección de metano bacterias en co-cultivos de carbón, siendo necesaria la secuenciación de los productos de PCR para la identificación de arqueobacterias metanogénicas productoras de metano. Se recomienda evaluar los cebadores diseñados en cepas de metano bacterias de referencia para validar los resultados obtenidos en este estudio.