Análisis del potencial de disrupción de membranas y estabilidad de péptidos catiónicos antimicrobianos por simulaciones de dinámica molecular

Abstract

Los péptidos catiónicos antimicrobianos, son una familia de proteínas altamente conservadas presentes en el sistema inmune de todos los organismos multicelulares que poseen un gran potencial como antibióticos de amplio-espectro gracias al bajo desarrollo de resistencia por parte de las bacterias. Se analizaron las estabilidades (radio de giro y desviación atómica estructural) de la estructura tridimensional de tres péptidos antimicrobianos (dos sintéticos y uno natural derivado del veneno de Vespa magnifica) reportados en la base de datos CAMP en solvatación bajo tres diferentes pH y temperaturas mediante simulaciones de dinámica molecular utilizando el paquete GROMACS. Los resultados obtenidos fueron comparados con el computo del índice de inestabilidad de proteínas propuesto por Guruprasad (1990), que evalúa la estabilidad de las proteínas en función de los dipéptidos que lo componen. Se encontró que uno de los péptidos sintéticos evaluados no forma una estructura tridimensional estable a ningún pH ni temperatura evaluado. Por tal motivo, no se espera una acción bactericida per se. Los otros dos péptidos mostraron una conformación de alfa-hélice bajo ciertas condiciones evaluadas. El péptido natural derivado del veneno de Vespa magnifica mostró ser más estable que los péptidos sintéticos. Adicionalmente, se encontró, que no existe correspondencia ni similitud entre el computo del índice de inestabilidad de proteínas propuesto por Guruprasad (1990) y los resultados del análisis de estabilidad evaluados por simulaciones de dinámica molecular.