Influencia del muestreo de terminales y particiones sobre la reconstrucción filogenética del virus del dengue usando análisis de inferencia bayesiana - Calsada Rodriguez, Luis Manuel (Universidad Industrial de Santander, 2019)
El estudio de la filogenia del virus del Dengue (DENV) ha permitido comprender su historia evolutiva, su dinámica poblacional, además de ser útil en la clasificación taxonómica del mismo. En la estimación de estas filogenias se han utilizado distintas particiones y un número variable de terminales, sin embargo no es claro el criterio de selección de los datos o el efecto que podrían tener estas variables al realizar la reconstrucción filogenética. Por tanto, el propósito de este trabajo fue evaluar el efecto que tienen el tamaño del muestreo taxonómico y la partición utilizada en la estimación filogenética de DENV, para esto utilizamos una base de datos de 328 secuencias de genoma completo la cual submuestreamos en tamaños del 20% y el 70% de los terminales, a partir de estos muestreos construimos filogenias con diferentes regiones del genoma (10 genes, 2 combinaciones y la región de la Proteína 2K) que comparamos con la Evidencia Total (ET). Encontramos que la recuperación de genotipos es directamente proporcional al tamaño de la partición, aunque esta recuperación también se ve afectada por el tamaño de muestreo ya que las filogenias obtenidas a partir de un menor número de terminales presentan porcentajes más altos de recuperación. La similaridad topológica respecto a ET fue más alta al usarse un menor número de terminales y una secuencia de mayor longitud. En conclusión encontramos que las particiones de mayor longitud son más eficientes en la identificación taxonómica de DENV; sin embargo, éstas se ven afectadas por el número de terminales usados en la estimación de la filogenia.
Effect of partition and taxon sampling on dengue virus phylogeny: an analysis using bayesian inference *
Keywords: Virus Del Dengue; Análisis Bayesiano; Muestreo; Terminales; Genoma.; Dengue Virus; Bayesian Inference; Sampling; Taxon; Genome.