Escuela de Biología
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Browsing Escuela de Biología by browse.metadata.evaluator "Hernández Torres, Jorge"
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Item Análisis de los polimorfismos cyp2d6*4 y cyp2d6*10 en población mestiza y afrodescendiente del departamento de Nariño(Universidad Industrial de Santander, 2022-04-05) Pitalúa Lizarazo, Shirley Andrea; Rondón González, Fernando; Cifuentes Cardona, Laura Fernanda; Hernández Torres, JorgePolimorfismos en el gen CYP2D6 causan diferencias en la forma como los individuos reaccionan ante la administración de la misma concentración en un fármaco; dentro de los polimorfismos de este gen se destacan CYP2D6*4 y CYP2D6*10 que conllevan a una actividad enzimática nula y disminuida, respectivamente. La frecuencia de estos polimorfismos varía dependiendo de la composición genética de la población; en el caso de Colombia ésta es una mezcla con contribuciones diferentes de amerindios, europeos y africanos, lo que supone contribuciones diferenciales en las frecuencias de los polimorfismos. El objetivo de este trabajo fue determinar la distribución de las frecuencias alélicas de los polimorfismos CYP2D6*4 y CYP2D6*10 en muestras poblacionales afrodescendientes (n=76) y mestizas (n=74) del sur de Colombia. Para esto se tomó sangre periférica, para extraer ADN, amplificar por PCR y genotipar cada polimorfismo con enzimas de restricción, a objeto de calcular las frecuencias alélicas y evaluar hipótesis de equilibrio genético y estructura poblacional. El alelo mutante del polimorfismo CYP2D6*4 (A) se encontró en todos los aislados poblacionales; mientras que el alelo (C) del polimorfismo CYP2D6*10 solo se detectó en Barbacoas, Magüí Payan y Pasto. En Magüí Payan y Policarpa se detectaron desviaciones del equilibrio de Hardy – Weinberg para CYP2D6*4 y en Pasto para CYP2D6*10. Éste último polimorfismo presenta diferencias en la distribución de frecuencias al considerar la comparación entre aislados poblacionales afrodescendientes vs mestizos. Estos hallazgos pueden favorecer con la baja diferenciación detectada en la evaluación de distintas hipótesis de estructura genética. Los resultados acá reportados contribuyen con el conocimiento farmacogenómico en Colombia en general y del departamento de Nariño en particular.Item Caracterización in silico de exones y secuencias específicas de unión para factores de la transcripción en los intrones del gen PARKIN RBR E3 Ubiquitina Proteína Ligasa 3 (PRKN) humana(Universidad Industrial de Santander, 2023-05-26) Ardila Sandoval, Erika Paola; Martínez Pérez, Francisco José; Barrios Hernández, Carlos Jaime; Hernández Torres, JorgeLa Enfermedad de Parkinson (EP) es una alteración neurológica degenerativa que afecta la actividad motora de más de 6,1 millones de personas y se estima que para el 2040 habrá alrededor de 17 millones de personas con la EP. Uno de los genes relacionados con la EP es PRKN que contribuye en la mitogafia. El gen tiene 1.380.350 pb, sus mutaciones se asocian con la EP y algunas son la causa recesiva más común. Además, se han reportado 6 variantes de ARNm. Por ejemplo, la variante 1 (V1) tiene 4.178 pb. Por lo tanto, más de 1.376.172 pb corresponderán a intrones. No obstante, se desconoce si algunos de ellos tienen elementos de regulación de la trascripción y de la traducción. Para ello, primero se alinearon las variantes de ARNm con el gen. Las posiciones homólogas y su verificación respecto al GenBank mostraron que el primer intrón tuvo más de 300.000 pb, un grupo de 5 intrones de 150.000 a 200.000 pb y otro grupo, menor a 50.000 pb. En estos, los softwares GenScan y Web AUGUSTUS mostraron elementos promotores de la transcripción y 129 exones, con una o más señales de poliadenilación. El programa en línea PROSITE, mostró que más de la mitad de éstos corresponden a sitios de fosforilación, una cuarta parte para miristilación y el resto para otros elementos. Nuestros resultados indican que en los intrones del gen PRKN podrían codificar para nuevas proteínas que posiblemente participarán en la EP.Item Desarrollo de un protocolo de hibridación in situ en un lagarto placentotrófico obligado(Universidad Industrial de Santander, 2023-11-14) Franco Mateus, Manuela; Ramírez Pinilla, Martha Patricia; Hernández Díaz, Yurany Nathaly; Hernández Torres, JorgeEl presente documento muestra la estandarización de un protocolo de hibridación in situ (HIS) para la preparación de una sonda de ARN marcada con DIG a base de amplificados de PCR de β-actina y su implementación en cortes histológicos de hígado, ovario y músculo esquelético en una especie de lagarto vivíparo placentotrófico. Se detectó la expresión de ARNm usando la sonda de actina 1 T7 combinado con el sistema de detección de alcalina fosfatasa y el sustrato INT/BCIP. Se encontró la presencia de transcritos de ARNm de β-actina en los cortes estudiados. Para el caso del hígado su presencia fue homogénea, mientras que para el ovario y músculo fue diferencial dando mayor señal en las estructuras de sostén de los diferentes cortes, como lo es la teca en el ovario y los fibroblastos en el músculo. Se estandarizo de manera exitosa y por primera vez un protocolo de hibridación in situ en el Laboratorio de Biología Reproductiva de Vertebrados que puede ser implementado en futuros estudios.Item Descripción morfológica del sistema reproductivo en Marmosa robinsoni (Mammalia: Didelphidae)(Universidad Industrial de Santander, 2024-02-26) Galezo Suárez, Mayra Alejandra; Ramírez Pinilla, Martha Patricia; Serrano Cardozo, Víctor Hugo; Hernández Díaz, Yurany Nathaly; Marchant Rojas, Sergio Andrés; Hernández Torres, JorgeMarmosa robinsoni es una especie de marsupial perteneciente a la familia Didelphidae, esta representa a la mayoría de los marsupiales distribuidos en América. Es un individuo de talla pequeña (<200gr), con cola prensil, nocturno y sin presencia de marsupio. Al igual que la mayoría de marsupiales del nuevo mundo, M. robinsoni se encuentra poco estudiada. A pesar de que se trata del factor distintivo entre metaterios y euterios, son nulas las descripciones de su sistema reproductivo, por lo cual, el presente trabajo pretende dilucidar la morfología e histología reproductiva de esta especie, así como los caracteres secundarios indicadores de actividad reproductiva. A través del muestreo y captura en un parche de bosque seco tropical: “El Bosque del agüil”, ubicado en el municipio de Aguachica-Cesar, se obtuvieron 8 individuos (machos y hembras) que posteriormente fueron disecados y con cuyos órganos y ductos se describió su morfología macroscópica, para posteriormente ser empleados en procesos de histotecnia con el fin de describir su histología. Se estableció que la disposición de mamas y testículos prominentes son indicadores de actividad reproductiva y a partir de los estudios de microscopía óptica realizados, se determinó que el sistema reproductivo de M. robinsoni sigue ciertos patrones reportados para otros marsupiales en cuanto a disposición y caracterización de los órganos y ductos constituyentes de este sistema, de igual forma, se encontró concordancia en la gametogénesis; en contraposición a esto, se hallaron ciertas diferencias en aspectos tales como cantidad de glándulas bulbouretrales, conformación bífida del pene, coloración de la túnica albugínea en testículos y tipo epitelial de la vagina medial.Item Identificación de SARS-CoV-2 en muestras de saliva por medio de RT-qPCR con la Solución Desnaturalizante(Universidad Industrial de Santander, 2023-10-08) Navarro Barón, Nathaniel Alejandro; Martínez Pérez, Francisco José; Vera Cala, Lina María; Hernández Torres, JorgeLa pandemia producida por el virus SARS-CoV-2 incentivó el desarrollo de métodos precisos para su identificación y diagnóstico. Dentro de estos se encuentran los diseñados con base en la Reacción en Cadena de la Polimerasa con Transcripción Inversa en Tiempo Real de un Paso (RT-qPCR). Uno de ellos es el propuesto por el Centros para el Control y Prevención de Enfermedades de los Estados Unidos de América (CDC) que emplea dos regiones del gen de la nucleocápside N viral. Sin embargo, la aparición de nuevas variantes y las estructuras secundarias de ARN pueden afectar la RT-qPCR generando resultados falsos negativos. Para ello, en muestras de hisopado nasofaríngeo se adiciona a la reacción una solución de Cloruro de Tetraetilamonio (TEA) o Dimetilsulfóxido; pero no se han demostrado sus efectos en muestras de saliva. En esta pasantía, se demostró que el uso de esta solución en el ARN purificado por magnetismo y con los cebadores y sondas para las dos regiones del gen N del kit de RT-qPCR del CDC se genera una ligera disminución o aumento de la señal de cuantificación en muestras individuales. Sin embargo, en muestras agrupadas y con ambos cebadores y sondas, con la misma reacción se mejora significativamente la señal. La validación in silico del patrón de hibridación con variantes de SARS-CoV-2 indica que el resultado estará en función de la variante de sARS-CoV-2. Con lo anterior se ratifica que el uso de ambos reactivos químicos en las reacciones de RT-qPCR de kits de identificación internacionales para SARS-CoV-2 son una opción de mejora para el diagnóstico en pacientes.Item Identificación del Cambio de Marco Ribosómico Programado en la pérdida de regiones en el genoma de variantes genéticas de SARS-CoV-2 del departamento de Santander, Colombia(Universidad Industrial de Santander, 2023-05-09) Navarro Corredor, María Alejandra; Martínez Pérez, Francisco José; Vera Cala, Lina María; Hernández Torres, JorgeDurante la pandemia de COVID-19, generada por el Betacoronavirus SARS-CoV-2, para mejorar el diagnóstico por RT-PCR y la secuenciación de los genomas virales de pacientes, se realizó la inclusión de un reactivo diseñado en función del genoma de SARS-CoV-2, que contiene una solución coadyuvante para desenredar el ARN y permitir la amplificación de la región seleccionada de SARS-CoV-2. Los resultados mostraron una mejora en el sistema de diagnóstico y en la secuenciación genómica. Su aplicación permitió la caracterización de 14 genomas de pacientes diagnosticados con COVID-19 en Santander. Asimismo, de otros genomas con pérdida de codones que presentaron cambios en los Marcos Abiertos de Lectura (ORF), exhibiendo, en algunos codones de paro similitud con el modelo de Cambio de Marco Ribosómico Programado (PRF). Debido a la posibilidad de que los codones de paro pudieran haberse generado durante el ensamble computacional y no tuvieran relevancia biológica, se realizó una validación in silico de estos genomas, identificando una posible explicación a la existencia de genomas con estas características, haciendo una identificación del modelo PRF en algunas de las regiones con pérdidas, así como el desarrollo de una base de datos con secuencias de algunas variantes reportadas en la base de datos de GISAID para identificar patrones de similitud entre las secuencias y los genomas aquí obtenidos. La comparación de los genomas secuenciados con respecto a los genomas obtenidos de las variantes reportadas en GISAID evidenció un patrón de pérdida de nucleótidos, regulado por el modelo de PRF.Item Protocolo de propagación in vitro de Thymus vulgaris L. (Lamiaceae)(Universidad Industrial de Santander, 2023-03-14) Hernández Mantilla, Érika Daniela; Garzón Gutiérrez, Luz Nayibe; Chacón Velasco, Martha Rocío; Hernández Torres, JorgeThymus vulgaris es una planta aromática de gran interés comercial por sus principios activos. Sin embargo, tiene una condición reproductiva que afecta la obtención de estos metabolitos secundarios, ya que la ginodioecia genera plantas con composición química altamente variable. En consecuencia, la propagación in-vitro ha mostrado ser una solución a esta problemática, y adicionalmente podría representar una ventaja al propiciar una mayor acumulación de metabolitos en las plantas. No obstante, se han reportado algunos problemas recurrentes en los protocolos de micropropagación de tomillo existentes, tales como, alta frecuencia de contaminación, oscurecimiento del explante, baja tasa de supervivencia de los brotes e índices bajos de multiplicación. Por tal razón, es que en este trabajo se estandarizó un protocolo para la propagación in-vitro de T. vulgaris, usando segmentos nodales tomados de ejemplares de invernadero y de plantas in-vitro obtenidas por germinación de semillas. La desinfección de los explantes primarios y secundarios se realizó con inmersiones en alcohol etílico al 70 % (10 y 15 s, respectivamente), NaClO al 2 % para nodos (5 min) y al 1 % en semillas (10 min) así como en agua destilada y estéril (ADE). En multiplicación y enraizamiento se evaluó el efecto del medio MS con las hormonas: 2iP, kinetina en combinación de AG3 y de ANA, IBA y 2,4-D, las dos fases tuvieron sus respectivos tratamientos control. El ensayo que más impacto positivo tuvo en las etapas mencionadas fue el medio libre de fitorreguladores. La combinación de sustrato más eficiente en la aclimatación de las plantas de tomillo fue la de suelo, arena y perlita (2:1:1). Los resultados obtenidos sugieren que mediante el cultivo in-vitro se puede aprovechar la morfología y la capacidad de fácil enraizamiento de T. vulgaris, para obtener una gran cantidad de plantas idénticas sin altos costos en reactivos y materiales.