Evaluación del efecto de la modulación de la firma génica de mal pronóstico ID1/ID3/IGJ en un modelo celular de LLA-B

dc.contributor.advisor Guitiérrez Triana, José Arturo
dc.contributor.advisor Cruz Rodríguez, Nataly
dc.contributor.author Padilla Agudelo, José Luis
dc.contributor.evaluator Pabón Martínez, Yarley Vladimir
dc.contributor.evaluator Alfonso, Julieta
dc.date.accessioned 2022-04-19T16:56:47Z
dc.date.available 2022-04-19T16:56:47Z
dc.date.created 2022-03-20
dc.date.issued 2022-03-30
dc.description.abstract La Leucemia Linfoblástica Aguda (LLA) es una neoplasia hematológica con una alta incidencia en Colombia, con bajas tasas de respuesta al tratamiento y curación comparado con otros países (Allemani et al., 2018). Actualmente en Colombia existe escasa información de las características moleculares de la LLA, y de los posibles mecanismos en la población Colombiana que podrían estar influyendo en la respuesta del tratamiento. Estudios previos realizados por nuestra línea de investigación, en pacientes adultos colombianos con LLA-B identificaron, por primera vez un perfil de expresión génica diferencial entre pacientes respondedores y no respondedores al tratamiento quimioterapéutico de inducción. Este perfil se caracterizó por una elevada expresión simultánea de los genes ID1 (DNA-binding protein inhibitor 1), ID3 (DNA binding protein inhibitor 3) e IGJ (Immunoglobulin J polypeptide). Genes que están implicados en diversos procesos tumorales (Cruz-Rodriguez et al., 2016a). Sin embargo, se desconoce el posible mecanismo en cómo estos genes están involucrados en el desenlace clínico y la baja respuesta al tratamiento en pacientes colombianos. Con el propósito de evaluar el posible mecanismo e importancia de estos genes en el desarrollo de pacientes colombianos con LLA, desarrollamos la modificación genética de la línea de leucemia linfoblástica aguda NALM-6 utilizando los sistemas CRISPR-Cas9 y Tol2-transposasa. Lo anterior, con el objetivo de sobreexpresar cada uno de los genes de la firma génica (ID1, ID3 e IGJ) y evaluar las posibles alteraciones en la división celular y la resistencia a agentes quimioterapéuticos empleados rutinariamente en el tratamiento de LLA. Al analizar la expresión génica mediante la técnica RT-qPCR utilizando las líneas estables NALM-6 encontramos que la sobreexpresión no se presentó en todos los modelos transfectados, sin embargo, se evidenció que los cambios en los niveles de expresión génica se pueden lograr mediante otros sistemas de expresión; lo cual nos llevó a inferir una relación interespecífica entre estos genes. Así mismo, mediante la técnica de western blot descubrimos que los transgenes no se expresan a nivel de proteína, independientemente del sistema de integración usado, a diferencia de las células HEK293 utilizadas como control. Por lo anterior, proponemos un posible mecanismo epigenético independiente del transgén que podría estar relacionada con el promotor de citomegalovirus. Adicionalmente, la evaluación de quimiorresistencia y proliferación se llevada a cabo en la línea estable pST-ID1, evidenció diferentes comportamientos de tasa de división y resistencia respecto a la línea celular sin modificación genética.
dc.description.abstractenglish Acute lymphoblastic leukemia (ALL) is a hematological neoplasm with a high incidence in Colombia, lower treatment response and cure rates compared to other countries (Allemani et al., 2018). Currently, our country has scarce information about the molecular characteristics of the disease, so the specific mechanisms influencing treatment response to the population are unknown. Previous studies of our research group, carried out on Colombian adult patients with B-ALL identified, for the first time, a differential gene expression profile between responders and non-responders to induction chemotherapy treatment. This profile was characterized by the high simultaneous expression of ID1 (DNA-binding protein inhibitor 1), ID3 (DNA binding protein inhibitor 3) and IGJ (Immunoglobulin J polypeptide) genes, which have been reported to be overexpressed in different kind of tumors (Cruz-Rodriguez et al., 2016a). It is unknown whether these genes are mechanistically involved in the clinical outcome and low response to treatment in Colombian patients. To evaluate this possibility, in the present work we report the genetic modification of the Acute Lymphoblastic Leukemia line NALM-6, by means of CRISPR/Cas9 and Tol2-transposase system, with the aim of overexpressing each of the genes of the gene signature and evaluate the alterations in proliferations and resistance to chemotherapeutic agents routinely used in the treatment of patients with ALL. When analyzing gene expression by RT-qPCR in the stable NALM-6 modified lines, we found that overexpression is not present in all transfected models; however, it is evident that changes in gene expression levels can be achieved by other expression systems and a complex interspecific relationship between them, in particular ID1 and IGJ, is observed. Likewise, by western blot assays we found that the transgenes are not detected at the protein level, regardless of the integration system used, in contrast to the HEK293 control cells. We propose a transgene-independent epigenetic mechanism possibly related to the cytomegalovirus promoter. However, the evaluation of chemoresistance and proliferation was carried out in the stable line pST-ID1 line where we found a low proliferation rate and a variable resistance to dexamethasone and cyclophosphamide.
dc.description.cvlac https://scienti.minciencias.gov.co/cvlac/visualizador/generarCurriculoCv.do?cod_rh=0001835996
dc.description.degreelevel Maestría
dc.description.degreename Magíster en Microbiología
dc.format.mimetype application/pdf
dc.identifier.instname Universidad Industrial de Santander
dc.identifier.reponame Universidad Industrial de Santander
dc.identifier.repourl https://noesis.uis.edu.co
dc.identifier.uri https://noesis.uis.edu.co/handle/20.500.14071/10014
dc.language.iso spa
dc.publisher Universidad Industrial de Santander
dc.publisher.faculty Facultad de Salud
dc.publisher.program Maestría en Microbiología
dc.publisher.school Escuela de Microbiología
dc.rights http://creativecommons.org/licenses/by-nc-nd/4.0/
dc.rights.license Atribución-NoComercial-SinDerivadas 2.5 Colombia (CC BY-NC-ND 2.5 CO)
dc.rights.uri http://creativecommons.org/licenses/by-nc-nd/2.5/co/
dc.subject LLA-B
dc.subject NALM-6
dc.subject Sistema transposasa
dc.subject CRISPR/Cas9
dc.subject Sistemas de edición genética
dc.subject.keyword ALL-B
dc.subject.keyword NALM-6
dc.subject.keyword Transposase system
dc.subject.keyword CRISPR/Cas9
dc.subject.keyword Gene editing systems
dc.title Evaluación del efecto de la modulación de la firma génica de mal pronóstico ID1/ID3/IGJ en un modelo celular de LLA-B
dc.title.english Evaluation of the effect of the modulation of the ID1/ID3/IGJ poor prognosis gene signature in a cellular model of ALL-B
dc.type.coar http://purl.org/coar/resource_type/c_bdcc
dc.type.hasversion http://purl.org/coar/version/c_b1a7d7d4d402bcce
dc.type.local Tesis/Trabajo de grado - Monografía - Maestría
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