Escuela de Microbiología
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Browsing Escuela de Microbiología by browse.metadata.advisor "Rincón Cruz, Giovanna"
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Item Análisis genómico de dos aislamientos de origen alimentario de Salmonella enterica resistentes a colistina(Universidad Industrial de Santander, 2022-09-19) Pereira Cardeño, Eliana Marcela; Rincón Cruz, Giovanna; Riaño Pachón, Diego Mauricio; Marchant Roja, Sergio Andrés; Chica, ClaudiaS. enterica es uno de los principales patógenos transmitido por alimentos. El uso de antibióticos en animales de consumo humano ha contribuido a la aparición de Salmonella multirresistentes (MDR). En Salmonella, la resistencia a colistina es causada por sustituciones en los sistemas PmrA/B y PhoP/Q, y a través del gen de resistencia móvil a colistina (mcr). La secuenciación de genoma completo se usa cada vez más para la caracterización de S. enterica. El objetivo de este estudio fue analizar las características genómicas de dos S. enterica resistentes a colistina aisladas de pollo. El genoma completo de los aislamientos 25TBS y 33TXLD fue secuenciado. El control de calidad se realizó con FastQC, ensamblaje y anotación con Unicycler y Prokka. La genotipificación e identificación de determinantes de resistencia fue realizada usando SeqSero2, SISTR, MLST, ANI Calculator, PointFinder, ResFinder, Resistance Gene Identifier, ABRicate y Clustal Omega. El análisis de plásmidos fue hecho mediante plasmidVerify, viralVerify, PlasmidFinder, pMLST y PLSDB. El aislamiento 25TBS fue identificado como S. enterica ser. Newport ST2370 con genes y sustituciones que pueden conferir resistencia a aminoglucósidos, quinolonas, fosfomicinas, elfamicinas y polimixinas; además, se encontró el plásmido pSE81-1705-3. 33TXLD fue identificado como S. enterica ser. Infantis ST32, descrito como un clon emergente MDR asociado a aves de corral. Se detectaron determinantes de resistencia a aminoglucósidos, betalactámicos, diaminopirimidinas, fenicoles, fosfomicinas, sulfonamidas, tetraciclinas, quinolonas, elfamicinas, nitrofuranos y polimixinas. Se encontró un megaplásmido pESI con potencial conjugativo, y los plásmidos pSA20051401.5 y pSE81-1705-3. Ninguno de los aislamientos presentó genes mcr, mientras que los dos mostraron sustituciones en PmrA/B y PhoP/Q, así como genes modificadores del lipopolisacárido involucrados en la resistencia a colistina de origen cromosomal. En nuestro conocimiento este es el primer reporte de los secuenciotipos 32 y 2370, así como del megaplásmido de tipo pESI en Salmonella aislada de pollo en Colombia.Item Evaluación de la Concordancia entre Dos Métodos Microbiológicos y una Técnica Molecular para la Detección de Carbapenemasas en Aislamientos de Klebsiella pneumoniae Resistente a Carbapenémicos.(Universidad Industrial de Santander, 2022-09-21) Aldana Lozano, Natalia Elisa; Rincón Cruz, Giovanna; Flechas Alarcón, María Camila; Amaya Santiago, Héctor Julio; Vega Vera, AgustínDescripción: El principal mecanismo de resistencia reportado en Klebsiella pneumoniae es la producción de carbapenemasas; por este motivo los laboratorios clínicos han desarrollado métodos para identificar de manera oportuna estos aislamientos; sin embargo, su detección y clasificación se dificulta por la diversidad de enzimas que hacen parte de este mecanismo. Objetivo: Evaluar la concordancia entre los métodos de sinergia con disco de inhibidores, (EDTA/ APB), el método modificado de inactivación de carbapenémicos, (mCIM/eCIM) y la PCR, para la detección de carbapenemasas en aislamientos de Klebsiella pneumoniae, resistente a carbapenémicos de un laboratorio clínico del área metropolitana de Bucaramanga. Materiales y métodos: Se incluyeron 100 aislamientos de K. pneumoniae, que se presentaron como resistentes o intermedios al menos a un carbapenémico, probado por el sistema automatizado VITEK®2 XL. Para cada aislamiento se procesaron los métodos EDTA/APB, mCIM/eCIM y PCR. Además, se evaluó la reproducibilidad interevaluador entre las técnicas fenotípicas, así como la frecuencia de las carbapenemasas. El análisis se realizó mediante el coeficiente Kappa de Cohen. Resultados: El coeficiente de concordancia de Kappa de Cohen entre la técnica mCIM/eCIM y PCR fue de 0,705, (IC 95%: 0,470 – 0,872) con una reproducibilidad interevaluador, (RI) de 100% y entre el método EDTA/APB fue de 0,447, (IC 95%: 0,290 – 0,608) con RI del 94%. La mayor frecuencia obtenida se presentó en la enzima KPC con el 88% seguida de NDM con el 8%; en el 6% de los aislamientos se detectó la coexistencia de blaKPC y blaVIM. El 4% restante no presentó amplificación de los genes de estudio. Conclusiones: La técnica mCIM/eCIM podrían ser una buena alternativa para los laboratorios clínicos; sin embargo, se evidenció que la coexistencia de los genes blaKPC y blaVIM, limita los resultados de las pruebas fenotípicas, subestimando la presencia de alguna o ambas enzimas.Item Prevalencia de genes de resistencia a quinolonas y fluoroquinolonas de codificación plasmídica en Salmonella spp. aislada de tres matrices alimentarias en Barrancabermeja(Universidad Industrial de Santander, 2022-03-30) David Castro, Alexander; Rincón Cruz, Giovanna; González Rugeles, Clara Isabel; Criado Guerrero, Libeth Yajaira; Martínez Vega, Ruth AralíIntroducción: La salmonelosis es un problema zoonótico y de salud pública de distribución mundial y es uno de los patógenos alimentarios más comunes transmitidos a los humanos por el consumo de productos agroalimentarios. El uso de antimicrobianos como promotores del crecimiento beneficia la productividad de la industria agropecuaria y contribuye al desarrollo de resistencia a los antimicrobianos reduciendo el uso de estos, para el tratamiento de enfermedades infecciosas en humanos y animales. Las quinolonas (Q) y fluoroquinolonas (FQ) son un grupo de antimicrobianos de amplio espectro, usado frecuentemente en infecciones gastrointestinales. Los determinantes de resistencia a quinolonas mediada por plásmidos (PMQR) han surgido como una preocupación importante en los últimos años. Objetivo: Determinar la prevalencia de genes de resistencia a quinolonas y fluoroquinolonas de codificación plasmídica en Salmonella spp., aislada de matrices alimentarias en Barrancabermeja. Métodos: Se procesaron 277 aislamientos de Salmonella spp. de origen alimentario aislados e identificados mediante la norma ISO 6579:2002 y confirmados molecularmente. Se determinó el perfil de sensibilidad de los aislamientos, presencia de genes PMQR por PCR, la estabilidad de los mismos hasta el repique 50 y las posibles relaciones clonales en los aislados con PMQR. Resultados: El 61% (169/277) de los aislamientos fueron sensibles a las Q y FQ probadas. Se halló la presencia de PMQR en el 5,4% (15/277) de los aislados, correspondientes a 12 qnrB (4.3%) y tres qnrA (1,07%); los genes oqxA, oqxB, qepA y aac(6´)-Ib-cr no fueron detectados y no determinaron posibles relaciones clonales. Conclusiones: Los aislados de pollo presentaron una menor sensibilidad a los antibióticos de este estudio, así como una baja frecuencia de aislamientos con genes PMQR. Este estudio demuestra la necesidad de caracterizar los aislamientos de una región, debido a que estos determinantes limitarán el espectro de antibióticos a utilizar en el tratamiento de esta zoonosis.