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Estudio de diversidad genética de poblaciones naturales de agraz (Vaccinium meridionale Sw) de Santander, Colombia, con marcadores de polimorfismo de un solo nucleótido (SNP) generados por genotipado por secuenciación (GBS)

dc.contributor.advisorGarzón Gutiérrez, Luz Nayibe
dc.contributor.advisorRondón González, Fernando
dc.contributor.advisorSoto Sedano, Johana Carolina
dc.contributor.authorSepúlveda Castañeda, John Edinson
dc.contributor.evaluatorRivera-Jiménez, Hernando
dc.contributor.evaluatorAyala Díaz, Iván Mauricio
dc.date.accessioned2025-11-20T21:11:51Z
dc.date.available2025-11-20T21:11:51Z
dc.date.created2025-10-29
dc.date.issued2025-10-29
dc.description.abstractVaccinium meridionale, conocido localmente como agraz, es una especie arbustiva nativa de la región altoandina de Sudamérica, reconocida por sus propiedades nutricionales y medicinales. A pesar de su potencial, su distribución, variabilidad morfológica y diversidad genética han sido poco estudiadas en Colombia. El presente trabajo de grado aborda de manera integral estos aspectos a través de un enfoque combinado de caracterización morfológica y análisis genético. Inicialmente, se realizó una caracterización de las poblaciones naturales de V. meridionale en el departamento de Santander, se identificaron nuevas localidades y se documentó su presencia en ambientes diversos entre los 2269 y 3031 m s. n. m. Se recopilaron datos morfológicos de 123 individuos silvestres, de los cuales 58 presentaron tanto estructuras vegetativas como reproductivas. El análisis de conglomerados reveló variabilidad morfológica intraespecífica moderada, influida probablemente por factores ambientales. Posteriormente, se evaluó por primera vez la diversidad genética y la estructura poblacional de V. meridionale en Colombia mediante genotipado por secuenciación (GBS). Se analizaron 123 individuos, incluyendo plantas silvestres recolectadas en Santander durante este estudio (n=72) y plantas comerciales de Boyacá y Cundinamarca (n=51). Se identificaron 12.910 polimorfismos de nucleótido único (SNPs) utilizando el genoma de V. corymbosum como referencia. El análisis de estructura poblacional identificó tres subpoblaciones genéticas, y se encontró una diversidad genética moderada (He=0.3586), un exceso de heterocigosidad (Ho=0.4653) y una baja diferenciación genética entre subpoblaciones (FST=0.0259), lo que sugiere un flujo génico considerable. Estos resultados amplían el conocimiento sobre la distribución, variabilidad morfológica y diversidad genética de V. meridionale en Colombia, aportando información clave para estrategias de conservación y programas de mejoramiento genético. Además, los marcadores SNP desarrollados representan una herramienta valiosa para estudios genómicos futuros en esta especie promisoria.
dc.description.abstractenglishVaccinium meridionale, commonly known as agraz, is a shrub species native to the high Andean region of South America, recognized for its nutritional and medicinal properties. Despite its potential, its distribution, morphological variability, and genetic diversity have been poorly studied in Colombia. This thesis addresses these aspects comprehensively through a combined approach of morphological characterization and genetic analysis. Initially, a characterization of natural populations of V. meridionale was conducted in the department of Santander, where new localities were identified, and its presence was documented in diverse environments ranging from 2,269 to 3,031 meters above sea level. Morphological data were collected from 123 wild individuals, of which 58 exhibited both vegetative and reproductive structures. Cluster analysis revealed moderate intraspecific morphological variability, likely influenced by environmental factors. Subsequently, the genetic diversity and population structure of V. meridionale in Colombia were evaluated for the first time using genotyping-by-sequencing (GBS). A total of 123 individuals were analyzed, including wild plants collected in Santander during this study (n = 72) and commercial plants from Boyacá and Cundinamarca (n = 51). A total of 12,910 single nucleotide polymorphisms (SNPs) were identified using the V. corymbosum genome as reference. The population structure analysis revealed three genetic subpopulations. A moderate genetic diversity (He = 0.3586), an excess of heterozygosity (Ho = 0.4653), and low genetic differentiation among subpopulations (FST = 0.0259) were observed, suggesting substantial gene flow. These findings expand current knowledge on the distribution, morphological variation, and genetic diversity of V. meridionale in Colombia, providing key information for conservation strategies and genetic improvement programs. Moreover, the SNP markers developed represent a valuable tool for future genomic studies in this promising species.
dc.description.cvlachttps://scienti.minciencias.gov.co/cvlac/visualizador/generarCurriculoCv.do?cod_rh=0001637238
dc.description.degreelevelMaestría
dc.description.degreenameMagíster en Biología
dc.description.orcidhttps://orcid.org/0009-0001-5892-7170
dc.format.mimetypeapplication/pdf
dc.identifier.instnameUniversidad Industrial de Santander
dc.identifier.reponameUniversidad Industrial de Santander
dc.identifier.repourlhttps://noesis.uis.edu.co
dc.identifier.urihttps://noesis.uis.edu.co/handle/20.500.14071/46624
dc.language.isospa
dc.publisherUniversidad Industrial de Santander
dc.publisher.facultyFacultad de Ciencias
dc.publisher.programMaestría en Biología
dc.publisher.schoolEscuela de Biología
dc.rightsinfo:eu-repo/semantics/openAccess
dc.rights.accessrightsinfo:eu-repo/semantics/openAccess
dc.rights.coarhttp://purl.org/coar/access_right/c_abf2
dc.rights.creativecommonsAtribución-NoComercial-SinDerivadas 4.0 Internacional (CC BY-NC-ND 4.0)
dc.rights.licenseAtribución-NoComercial-SinDerivadas 2.5 Colombia (CC BY-NC-ND 2.5 CO)
dc.rights.urihttps://creativecommons.org/licenses/by-nc-nd/4.0/
dc.subjectEricaceae
dc.subjectVaccinium
dc.subjectDiversidad morfológica
dc.subjectFlora altoandina
dc.subjectEstructura poblacional
dc.subject.keywordEricaceae
dc.subject.keywordVaccinium
dc.subject.keywordMorphological diversity
dc.subject.keywordHigh Andean flora
dc.subject.keywordPopulation structure
dc.titleEstudio de diversidad genética de poblaciones naturales de agraz (Vaccinium meridionale Sw) de Santander, Colombia, con marcadores de polimorfismo de un solo nucleótido (SNP) generados por genotipado por secuenciación (GBS)
dc.title.englishStudy of genetic diversity of natural populations of agraz (Vaccinium meridionale Sw) from Santander, Colombia, with single nucleotide polymorphism (SNP) markers generated by genotyping by sequencing (GBS)
dc.type.coarhttp://purl.org/coar/resource_type/c_bdcc
dc.type.hasversionhttp://purl.org/coar/version/c_b1a7d7d4d402bcce
dc.type.localTesis/Trabajo de grado - Monografía - Maestría
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