Haemosporidios como Plasmodium, Haemoproteus y Leucocytozoon son parásitos sanguíneos ampliamente distribuidos que infectan a una gran diversidad de aves silvestres. Su prevalencia está influenciada por factores ecológicos como la altitud, la temperatura y la presencia de vectores, y puede afectar la salud, el comportamiento y la dinámica poblacional de sus hospedadores. En Colombia, los estudios sobre estos parásitos han sido escasos en tierras bajas y zonas boscosas naturales poco intervenidas. En este estudio se evaluó la prevalencia y composición de haemosporidios en aves capturadas en zonas boscosas cercanas a afluentes del río Magdalena en el departamento de Santander. En total se muestrearon cuatro zonas entre 134 a 1.023 m s.n.m y 43,8 km entre las dos más alejadas. La prevalencia general se estimó en 9,1% mediante PCR y 14,93% mediante microscopía, reflejando diferencias entre métodos diagnósticos en cuanto a sensibilidad y alcance. Se identificaron 14 linajes moleculares distintos: 11 del género Plasmodium y 3 del género Haemoproteus, incluyendo registros nuevos de especies de parásitos para el departamento y asociaciones hospedador-parásito no documentadas previamente. Los análisis revelaron diferencias en la composición de aves entre localidades, pero no en la composición de linajes parasitarios, lo que sugiere una estructura compartida entre los sitios de muestreo. Los resultados subrayan la importancia de emplear metodologías diagnósticas complementarias para mejorar la detección y caracterización de haemosporidios y aportan información valiosa para la diversidad y ecología de dichos parásitos en ecosistemas poco estudiados del trópico colombiano.