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Identificación de metabolitos secundarios de plantas medicinales con posible actividad antiviral frente a la proteasa principal (Mpro) y la enzima ARN polimerasa dependiente de ARN viral del SARS-CoV-2

Resumen

La pandemia del COVID-19 causada por el virus del SARS-CoV-2 continúa siendo una crisis de salud pública a nivel mundial debido a las variantes emergentes. A pesar de la existencia de vacunas y tratamientos contra este virus, se siguen reportando miles de casos a diario. por lo que es necesario el desarrollo de nuevas terapias y medicamentos para prevenir y tratar esta enfermedad. En esta investigación, se busca identificar posibles inhibidores para proteínas target de este virus a partir de una base de datos de 4274 metabolitos de plantas medicinales, donde se proponen dos de estos como posibles inhibidores frente a dos proteínas diana del SARS-CoV-2 involucradas en el proceso de replicación; la proteasa principal (Mpro) y a la ARN polimerasa dependiente de ARN viral (RdRp). Para lograr esto, se emplearon herramientas del diseño de fármacos asistido por computador, analizando las interacciones comunes con residuos claves involucrados en el sitio activo de las proteínas, su estabilidad dentro del bolsillo de unión y energía libre de unión. Los resultados obtenidos sugieren a la cleistantina B como inhibidor de la Mpro debido a sus interacciones con residuos claves como His 41, Thr 26, Glu 166, Gln 189, los cuales se encuentran involucrados en el sitio activo de la proteasa desempeñando un papel importante en la catálisis y la especificidad del sustrato. Asimismo, la indometacina se sugiere como inhibidor de la RdRp al interactuar con residuos claves como Asp 760, Ser 814 y los iones de Mg2+, los cuales son importantes en la unión de nucleótidos y catálisis de la reacción de polimerización. En general, estos resultados proporcionan nuevos conocimientos sobre el posible mecanismo de inhibición de la cleistantina B y la indometacina para inhibir el ciclo de vida viral del SARS-CoV-2.