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Evaluación de métodos computacionales para calcular la energía de activación de la reacción de transferencia de dos protones y un electrón entre el catecol y el radical anión superoxido

dc.contributor.advisorDaza Espinosa, Martha Cecilia
dc.contributor.advisorOliver Doerr, Markus Hans
dc.contributor.authorLopez Meza, Andres Camilo
dc.date.accessioned2024-03-04T00:13:57Z
dc.date.available2018
dc.date.available2024-03-04T00:13:57Z
dc.date.created2018
dc.date.issued2018
dc.description.abstractEn el presente trabajo de investigación se exploró el efecto de diferentes funcionales de la densidad sobre la energía de activación de la reacción de transferencia concertada de dos protones y un electrón entre el catecol y el radical anión superóxido. Inicialmente, se exploró el efecto de la inclusión de la corrección D3 (Grimme, Ehrlich, & Goerigk, 2011) a la energía calculada con los funcionales rev-PBE, TPSSS, PW6B95 y B3LYP y la base 6-311+G(3df,3pd) y sobre las geometrías. Se encontró que esta corrección aumenta entre 0.32% a 2.63% el valor de la energía de activación y que su efecto sobre las geometrías es 0.013 Å). Para evaluar el efecto de la base se usaron las bases 6-311+G(3df,2p) y 6-311+G(3df,2p) con los funcionales B3LYP, PW6B95, revPBE, M05, M05-2X, M06, M06L, M06-TPSSh. Las energías de activación calculadas con las dos bases son muy similares al igual que las geometrías. También, se encontró que la energía de activación calculada con el funcional es cercana a la calculada con el método de referencia (CCSD(T)/CBS//B3LYP/6-311+G(3df,2p)). La naturaleza del estado de transición se verificó mediante un cálculo de frecuencias vibracionales. Se realizó un y la base 6-311+G(3df,2p) mostrando que el estado de transición conecta con el complejo pre-reactivo y con el complejo producto. Para verificar la validez de las funciones de onda Kohn-Sham no restringidas, analizamos la contaminación de espín. Las funciones de onda obtenidas con los diferentes funcionales presentan valor esperado de espín total es muy cercano al valor esperado para un sistema con un electrón no apareado.
dc.description.abstractenglishIn the present work we explored the effect of different density functionals on the activation energy of the concerted double proton transfer electron transfer between catechol and superoxide radical anion. Initially, the effect of the inclusion of the D3 (Grimme et al., 2011) correction on the energy calculated with the functionals rev-PBE, TPSSS, PW6B95 and B3LYP and the 6-311+G(3df,3pd) basis set and on the geometries was explored It was found that this correction increases the value of the activation energy between 0.32% to 2.63% and that its effect on the geometries is low (R To evaluate the effect of the basis set, we used the 6-311 + G (3df, 2p) and 6-311 + G (3df, 2p) basis with the functional B3LYP, PW6B95, revPBE, M05, M05-2X, M06, M06L , M06-2X, MPWB1K, B97x, THCTHhyb, HCTH407 and TPSSh. The energies of activation and geometries calculated with the two basis sets are very similar. Also, it was found that the activation energy calculated with the functional B97x is close to that calculated with the reference method (CCSD (T) / CBS // B3LYP / 6-311 + G (3df, 2p)). The nature of the transition state was verified by a calculation of vibrational frequencies. An intrinsic reaction coordinate analysis (IRC) was performed with the functional B97x and the basis set 6-311 + G (3df, 2p) showing that the transition state connects with the pre-reactive complex and the product complex. To verify the validity of unrestricted Kohn-Sham wave functions, we analyzed the spin contamination. The wave functions obtained with the different functionals present expectation values of total spin which are very close to the expected value for a system with an unpaired electron.*Facultad de Ciencias, Escuela de Química. Directores: Dra. Martha Cecilia Daza Espinosa, Bíologa Codirector Dr. Markus Hans Oliver Doerr,
dc.description.degreelevelPregrado
dc.description.degreenameQuímico
dc.format.mimetypeapplication/pdf
dc.identifier.instnameUniversidad Industrial de Santander
dc.identifier.reponameUniversidad Industrial de Santander
dc.identifier.repourlhttps://noesis.uis.edu.co
dc.identifier.urihttps://noesis.uis.edu.co/handle/20.500.14071/39406
dc.language.isospa
dc.publisherUniversidad Industrial de Santander
dc.publisher.facultyFacultad de Ciencias
dc.publisher.programQuímica
dc.publisher.schoolEscuela de Química
dc.rightshttp://creativecommons.org/licenses/by/4.0/
dc.rights.accessrightsinfo:eu-repo/semantics/openAccess
dc.rights.creativecommonsAtribución-NoComercial-SinDerivadas 4.0 Internacional (CC BY-NC-ND 4.0)
dc.rights.licenseAttribution-NonCommercial 4.0 International (CC BY-NC 4.0)
dc.rights.urihttp://creativecommons.org/licenses/by-nc/4.0
dc.subjectTeoría De Los Funcionales De Densidad (Dft)
dc.subjectCorrecciones De Efectos De Dispersión (Dft-D3)
dc.subjectFuncionales
dc.subjectBases
dc.subjectRmsd
dc.subjectFunciones De Polarización.
dc.subject.keywordDensity Functional Theory (Dft)
dc.subject.keywordDispersion Corrections (Dft-D3)
dc.subject.keywordFunctional
dc.subject.keywordBasis Set
dc.subject.keywordRmsd
dc.subject.keywordPolarization Functions.
dc.titleEvaluación de métodos computacionales para calcular la energía de activación de la reacción de transferencia de dos protones y un electrón entre el catecol y el radical anión superoxido
dc.title.englishEvaluation of computational methods to calculate the activation energy of the transfer reaction of two protons and one electron between catechol and superoxide anion radical
dc.type.coarhttp://purl.org/coar/version/c_b1a7d7d4d402bcce
dc.type.hasversionhttp://purl.org/coar/resource_type/c_7a1f
dc.type.localTesis/Trabajo de grado - Monografía - Pregrado
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