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Análisis genómico de dos aislamientos de origen alimentario de Salmonella enterica resistentes a colistina

Resumen

S. enterica es uno de los principales patógenos transmitido por alimentos. El uso de antibióticos en animales de consumo humano ha contribuido a la aparición de Salmonella multirresistentes (MDR). En Salmonella, la resistencia a colistina es causada por sustituciones en los sistemas PmrA/B y PhoP/Q, y a través del gen de resistencia móvil a colistina (mcr). La secuenciación de genoma completo se usa cada vez más para la caracterización de S. enterica. El objetivo de este estudio fue analizar las características genómicas de dos S. enterica resistentes a colistina aisladas de pollo. El genoma completo de los aislamientos 25TBS y 33TXLD fue secuenciado. El control de calidad se realizó con FastQC, ensamblaje y anotación con Unicycler y Prokka. La genotipificación e identificación de determinantes de resistencia fue realizada usando SeqSero2, SISTR, MLST, ANI Calculator, PointFinder, ResFinder, Resistance Gene Identifier, ABRicate y Clustal Omega. El análisis de plásmidos fue hecho mediante plasmidVerify, viralVerify, PlasmidFinder, pMLST y PLSDB. El aislamiento 25TBS fue identificado como S. enterica ser. Newport ST2370 con genes y sustituciones que pueden conferir resistencia a aminoglucósidos, quinolonas, fosfomicinas, elfamicinas y polimixinas; además, se encontró el plásmido pSE81-1705-3. 33TXLD fue identificado como S. enterica ser. Infantis ST32, descrito como un clon emergente MDR asociado a aves de corral. Se detectaron determinantes de resistencia a aminoglucósidos, betalactámicos, diaminopirimidinas, fenicoles, fosfomicinas, sulfonamidas, tetraciclinas, quinolonas, elfamicinas, nitrofuranos y polimixinas. Se encontró un megaplásmido pESI con potencial conjugativo, y los plásmidos pSA20051401.5 y pSE81-1705-3. Ninguno de los aislamientos presentó genes mcr, mientras que los dos mostraron sustituciones en PmrA/B y PhoP/Q, así como genes modificadores del lipopolisacárido involucrados en la resistencia a colistina de origen cromosomal. En nuestro conocimiento este es el primer reporte de los secuenciotipos 32 y 2370, así como del megaplásmido de tipo pESI en Salmonella aislada de pollo en Colombia.