Estudio de la diversidad y estructura genética de poblaciones de lippia origanoides que habitan el Cañon del Chicamocha de la Cordillera Oriental de Colombia

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dc.contributor.advisorFuentes Lorenzo, Jorge Luis
dc.contributor.advisorRondon Gonzalez, Fernando
dc.contributor.authorSantamaria Acevedo, Liliana
dc.date.accessioned2024-03-03T23:37:01Z
dc.date.available2017
dc.date.available2024-03-03T23:37:01Z
dc.date.created2017
dc.date.issued2017
dc.description.abstractLippia origanoides es una especie silvestre de interés agrícola, cosmético y farmacéutico. Conocer su grado de diversidad genética, es requisito indispensable para soportar esfuerzos dirigidos al mejoramiento y establecimiento de cultivos comerciales. Se evaluó la diversidad y el grado de estructura genética en poblaciones de L. origanoides de la cuenca baja del cañón del rio Chicamocha, usando 23 secuencias microsatélites desarrolladas para la especie mediante análisis de secuenciación de alta cobertura. Se detectó el polimorfismo microsatélite en 103 especímenes colectados, en diez localidades de la cuenca baja del rio Chicamocha. A partir de los alelos detectados, se estimaron parámetros que permitieron evaluar la diversidad genética a nivel de locus y poblacional. De igual manera, se realizaron diferentes análisis dirigidos a conocer el grado de estructura genética en la población total. De los 23 pares de cebadores microsatélites desarrollados, 21 mostraron amplificación robusta del correspondiente locus en L. origanoides y varios de ellos estuvieron representados en especies relacionadas como: L. graveolens (20), L. alba (11), L. micromera (11), L. americana (9) y L. canescens (4). Quince (15) loci microsatélites polimórficos, 0,403 (0,0210,945). La diversidad genética promedio (HT) en L. origanoides para las diez localidades fue de 0,45 (0,360,51). El análisis de estructura genética mostró la existencia de cinco grupos ancestrales, un bajo pero significativo nivel de diferenciación genética y flujo genético entre localidades. En conclusión, los loci microsatélites estudiados son útiles para el estudio del polimorfismo genético de poblaciones de L. origanoides y de especies relacionadas. La población de L. origanoides de la cuenca baja del cañón del rio Chicamocha, muestra moderada diversidad genética y baja estructura poblacional.
dc.description.abstractenglishLippia origanoides is a wild species of agricultural, cosmetic and pharmaceutical interest. Knowing their degree of genetic diversity is an indispensable requirement to support efforts aimed to the improvement and establishment of commercial crops. The diversity and the degree of genetic structure in populations of L. origanoides of the low basin of the Chicamocha river cane were evaluated, using 23 microsatellite sequences developed for the species, through a high coverage sequencing analysis. Microsatellite polymorphism was detected in 103 specimens collected at ten locations in the lower basin of the Chicamocha River, from PCR amplification. From the detected alleles, parameters were estimated that allowed the evaluation of the genetic diversity at the locus and population level. In the same way, different analyzes were conducted aimed to knowing the degree of genetic structure in the global population. Of the 23 pairs of microsatellite primers developed, 21 showed robust amplification of the corresponding locus in L. origanoides and some were represented in related species such as L. graveolens (20), L. alba (11), L. micromera (11), L. americana (9) and L. canescens (4). Fifteen (15) polimorphic microsatellite loci in L. origanoides were shown to (0.021-0.945). The average genetic diversity (HT) for the ten localities was 0.45 (0.36-0.51). The analysis of genetic structure showed the existence of five genetic ancestral groups, a low but significant level of genetic differentiation and genetic flow between locations. In conclusion, the microsatellite loci studied are useful in the study of the genetic polymorphism of populations of L. origanoides and related species. The population of L. origanoides from the lower basin of the Chicamocha river canyon shows a moderate genetic diversity and low population structure.
dc.description.degreelevelMaestría
dc.description.degreenameMagíster en Biología
dc.format.mimetypeapplication/pdf
dc.identifier.instnameUniversidad Industrial de Santander
dc.identifier.reponameUniversidad Industrial de Santander
dc.identifier.repourlhttps://noesis.uis.edu.co
dc.identifier.urihttps://noesis.uis.edu.co/handle/20.500.14071/37614
dc.language.isospa
dc.publisherUniversidad Industrial de Santander
dc.publisher.facultyFacultad de Ciencias
dc.publisher.programMaestría en Biología
dc.publisher.schoolEscuela de Biología
dc.rightshttp://creativecommons.org/licenses/by/4.0/
dc.rights.accessrightsinfo:eu-repo/semantics/openAccess
dc.rights.creativecommonsAtribución-NoComercial-SinDerivadas 4.0 Internacional (CC BY-NC-ND 4.0)
dc.rights.licenseAttribution-NonCommercial 4.0 International (CC BY-NC 4.0)
dc.rights.urihttp://creativecommons.org/licenses/by-nc/4.0
dc.subjectSsr
dc.subjectNeotrópico
dc.subjectDiversidad Genética.
dc.subject.keywordSsr
dc.subject.keywordNeotropics Genetic Diversity.
dc.titleEstudio de la diversidad y estructura genética de poblaciones de lippia origanoides que habitan el Cañon del Chicamocha de la Cordillera Oriental de Colombia
dc.title.englishStudy of the genetic diversity and population structure of lippia origanoides in the chicamocha canyon of the eastern cordillera of colombia
dc.type.coarhttp://purl.org/coar/version/c_b1a7d7d4d402bcce
dc.type.hasversionhttp://purl.org/coar/resource_type/c_bdcc
dc.type.localTesis/Trabajo de grado - Monografía - Maestria
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