Determinación de metabolitos secundarios de plantas como posibles inhibidores de la glucoproteína spike del SARS-CoV-2

Simple item page
dc.contributor.advisorMendez Sanchez, Stelia Carolina
dc.contributor.advisorVesga Gamboa, Luis Carlos
dc.contributor.authorRuiz Hernandez, Camilo Andrés
dc.contributor.evaluatorCano Calle, Herminsul de Jesús
dc.contributor.evaluatorDaza Espinosa, Martha Cecilia
dc.date.accessioned2023-05-30T15:05:56Z
dc.date.available2023-05-30T15:05:56Z
dc.date.created2023-05-26
dc.date.issued2023-05-26
dc.description.abstractEl SARS-CoV-2 es un virus surgido a finales del año 2019 el cual genera una enfermedad en los humanos denominada COVID-19. A día de hoy, esta enfermedad ha causado más de 360 millones de contagios alrededor del mundo y continúa siendo un problema de salud global a medida que nuevas cepas del virus aparecen con el paso del tiempo. A pesar del descubrimiento de las vacunas y algunos fármacos con respuesta frente al virus, aún no se ha establecido ningún tratamiento terapéutico para el manejo de la enfermedad. En consecuencia, se estableció este proyecto de investigación con el que se buscó la identificación de metabolitos secundarios como posibles inhibidores de la glucoproteína spike del virus del SARS-CoV-2. Para alcanzar este objetivo, se realizó un estudio de screening virtual a una base de datos de metabolitos para analizar sus interacciones aminoacídicas, docking score y cálculo de energía libre. Se seleccionaron los mejores resultados en base a los criterios previamente mencionados para evaluar su estabilidad y su perfil de interacción con aminoácidos relevantes mediante el uso de dinámica molecular en simulaciones de 200 nanosegundos. Los resultados obtenidos sugieren que el sesquipinsapol B contiene el mejor perfil de interacción aminoacídico en los sitios de unión propuestos. Además, interactúo con los residuos aminoacídicos críticos como E484, N487, Y489 en el sitio de unión propuesto entre la glucoproteína spike con la enzima ACE2. Finalmente, su análisis mediante dinámica molecular se puede concluir que el sesquipinsapol B se mantuvo dentro del sitio de unión generando cambios conformacionales en el ligando que contribuyen a la inhibición de la actividad del virus.
dc.description.abstractenglishSARS-CoV-2 is a virus that appeared at the end of 2019 which generates a disease called COVID-19 which only affects humans. Nowadays, COVID-19 has caused more than 360 million of cases around the world and continues to be a global health concern due to the appearance of new mutations with the pass of the time. In consequence, our investigation project was established whose objective is to identify secondary metabolites as possible inhibitors of the spike glycoprotein of the SARS-CoV-2 virus. To reach the goal, a screening virtual process was made into a database full of metabolites to analyze their aminoacidic interactions, docking score and its free energy calculation. The best results were selected to evaluate their stability and their aminoacidic interaction profile using molecular dynamics in 200 nanoseconds simulations. The results obtained suggest the sesquipinsapol B contains the best interaction profile within the proposed sites into the interface protein ligand site. Besides, sesquipinsapol B interacts with critical amino acid residues such as E484, N487, Y489 in charge of the binding process with the ACE2 enzyme. Finally, its analysis using molecular dynamics concluded that sesquipinsapol B maintained itself inside the proposed site of interaction causing conformational changes on the ligand that massively contributes to the inhibition process of the virus activity.
dc.description.cvlachttps://scienti.minciencias.gov.co/cvlac/EnRecursoHumano/inicio.do
dc.description.degreelevelPregrado
dc.description.degreenameQuímico
dc.description.orcidhttps://orcid.org/0000-0003-4943-8137
dc.format.mimetypeapplication/pdf
dc.identifier.instnameUniversidad Industrial de Santander
dc.identifier.reponameUniversidad Industrial de Santander
dc.identifier.repourlhttps://noesis.uis.edu.co
dc.identifier.urihttps://noesis.uis.edu.co/handle/20.500.14071/14459
dc.language.isospa
dc.publisherUniversidad Industrial de Santander
dc.publisher.facultyFacultad de Ciencias
dc.publisher.programQuímica
dc.publisher.schoolEscuela de Química
dc.rightsinfo:eu-repo/semantics/openAccess
dc.rights.accessrightsinfo:eu-repo/semantics/openAccess
dc.rights.coarhttp://purl.org/coar/access_right/c_abf2
dc.rights.creativecommonsAtribución-NoComercial-SinDerivadas 4.0 Internacional (CC BY-NC-ND 4.0)
dc.rights.licenseAttribution-NonCommercial 4.0 International (CC BY-NC 4.0)
dc.rights.urihttp://creativecommons.org/licenses/by-nc-nd/4.0/
dc.subjectGlucoproteína spike
dc.subjectSARS-CoV-2
dc.subjectSesquipinsapol B
dc.subjectVirus
dc.subjectCOVID-19
dc.subject.keywordSpike glycoprotein
dc.subject.keywordSARS-CoV-2
dc.subject.keywordSesquipinsapol B
dc.subject.keywordVirus
dc.subject.keywordCOVID-19
dc.titleDeterminación de metabolitos secundarios de plantas como posibles inhibidores de la glucoproteína spike del SARS-CoV-2
dc.title.englishDetermination of secondary metabolites from plants as possible inhibitors of SARS-CoV-2 spike glycoprotein
dc.type.coarhttp://purl.org/coar/resource_type/c_7a1f
dc.type.hasversionhttp://purl.org/coar/version/c_b1a7d7d4d402bcce
dc.type.localTesis/Trabajo de grado - Monografía - Pregrado
dspace.entity.type
Files
Original bundle
Now showing 1 - 4 of 4
No Thumbnail Available
Name:
Nota de proyecto.pdf
Size:
93.6 KB
Format:
Adobe Portable Document Format
Download
No Thumbnail Available
Name:
Documento.pdf
Size:
2.24 MB
Format:
Adobe Portable Document Format
Download
No Thumbnail Available
Name:
Anexo 1.pdf
Size:
668.1 KB
Format:
Adobe Portable Document Format
Download
No Thumbnail Available
Name:
Carta de autorización.pdf
Size:
373.97 KB
Format:
Adobe Portable Document Format
Download
License bundle
Now showing 1 - 1 of 1
No Thumbnail Available
Name:
license.txt
Size:
2.18 KB
Format:
Item-specific license agreed to upon submission
Description:
Download
Collections
Química