Docking molecular directo entre proteína y ligando flexible utilizando técnicas de inteligencia artificial

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dc.contributor.advisorArguello Fuentes, Henry
dc.contributor.advisorTorres Sáez, Rodrigo Gonzalo
dc.contributor.authorRondón Villarreal, Nydia Paola
dc.date.accessioned2024-03-03T18:51:13Z
dc.date.available2011
dc.date.available2024-03-03T18:51:13Z
dc.date.created2011
dc.date.issued2011
dc.description.abstractEl diseño de fármacos es un proceso ineficiente y costoso, que necesita ser mejorado para poder brindar a la humanidad medicinas seguras, efectivas y asequibles. Las herramientas computacionales han permitido mejorar este proceso mediante la simulación de las posibles interacciones existentes entre las proteínas y los posibles medicamentos. Sin embargo, dichas herramientas no suministran resultados fiables para todos los tipos de complejos proteína-ligando. Una de estas herramientas computacionales es el docking molecular, que consiste en predecir el complejo más estable en términos de energía entre un receptor o proteína y un ligando o compuesto con las propiedades químicas necesarias para poder considerarse como posible fármaco. En los últimos años, el proceso de docking molecular se ha venido trabajando con algoritmos genéticos, búsqueda tabú, recocido simulado, entre otras técnicas y los resultados obtenidos han sido satisfactorios. En el presente trabajo de investigación se desarrolló un proceso computacional de docking molecular utilizando una variante de un algoritmo genético de estado estable, en donde la función de evaluación de energía es aquella suministrada por el campo de fuerza AMBER. En la primera parte del documento se ilustra brevemente el proceso bioquímico de la unión de una proteína con un ligando, la selección de la técnica de inteligencia artificial utilizada y la selección de la función de energía. Posteriormente, se describen los pasos realizados para el desarrollo del proceso de docking molecular y finalmente, se presentan las simulaciones realizadas y los resultados obtenidos.
dc.description.abstractenglishDrug design is an inefficient and expensive process that needs to be improved to provide safe, effective and affordable medicines to the humanity.Computational tools have improved this process by simulating the possible interactions between proteins and ligands. However, these tools do not provide reliable results for all types of protein-ligand complexes. One of these computational tools is molecular docking, which allows to predict the most stable complex in terms of energy between a protein or receptor and a ligand or compound with the chemical properties needed to be considered as a potential drug. In recent years, the molecular docking process has been working with genetic algorithms, tabu search, simulated annealing, among other techniques and results have been satisfactory. In this research was developed a computational process of molecular docking using a variant of a steady-state genetic algorithm, where the energy evaluation function is that supplied by the AMBER force field. The first part briefly illustrates the biochemical process of the binding of a protein with a ligand, the selection of the artificial intelligence technique and the choice of the energy function. Then, the steps taken for the development of molecular docking process are described and finally the simulations and results are presented.
dc.description.degreelevelMaestría
dc.description.degreenameMagíster en Ingeniería de Sistemas e Informática
dc.format.mimetypeapplication/pdf
dc.identifier.instnameUniversidad Industrial de Santander
dc.identifier.reponameUniversidad Industrial de Santander
dc.identifier.repourlhttps://noesis.uis.edu.co
dc.identifier.urihttps://noesis.uis.edu.co/handle/20.500.14071/26257
dc.language.isospa
dc.publisherUniversidad Industrial de Santander
dc.publisher.facultyFacultad de Ingenierías Fisicomecánicas
dc.publisher.programMaestría en Ingeniería de Sistemas e Informática
dc.publisher.schoolEscuela de Ingeniería de Sistemas e Informática
dc.rightshttp://creativecommons.org/licenses/by/4.0/
dc.rights.accessrightsinfo:eu-repo/semantics/openAccess
dc.rights.creativecommonsAtribución-NoComercial-SinDerivadas 4.0 Internacional (CC BY-NC-ND 4.0)
dc.rights.licenseAttribution-NonCommercial 4.0 International (CC BY-NC 4.0)
dc.rights.urihttp://creativecommons.org/licenses/by-nc/4.0
dc.subjectDocking molecular
dc.subjectComplejo proteína-ligando
dc.subjectRMSD
dc.subjectAlgoritmo Genético
dc.subject.keywordMolecular Docking
dc.subject.keywordProtein-ligand complex
dc.subject.keywordRMSD
dc.subject.keywordGenetic Algorithms
dc.titleDocking molecular directo entre proteína y ligando flexible utilizando técnicas de inteligencia artificial
dc.title.englishDirect Molecular Docking Between Protein and Flexible Ligand Using Artificial Intelligence Techniques
dc.type.coarhttp://purl.org/coar/version/c_b1a7d7d4d402bcce
dc.type.hasversionhttp://purl.org/coar/resource_type/c_bdcc
dc.type.localTesis/Trabajo de grado - Monografía - Maestria
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