Evaluación de la Concordancia entre Dos Métodos Microbiológicos y una Técnica Molecular para la Detección de Carbapenemasas en Aislamientos de Klebsiella pneumoniae Resistente a Carbapenémicos.

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dc.contributor.advisorRincón Cruz, Giovanna
dc.contributor.advisorFlechas Alarcón, María Camila
dc.contributor.authorAldana Lozano, Natalia Elisa
dc.contributor.evaluatorAmaya Santiago, Héctor Julio
dc.contributor.evaluatorVega Vera, Agustín
dc.date.accessioned2022-09-26T00:43:52Z
dc.date.available2022-09-26T00:43:52Z
dc.date.created2022-09-21
dc.date.embargoEnd2027-09-21
dc.date.issued2022-09-21
dc.description.abstractDescripción: El principal mecanismo de resistencia reportado en Klebsiella pneumoniae es la producción de carbapenemasas; por este motivo los laboratorios clínicos han desarrollado métodos para identificar de manera oportuna estos aislamientos; sin embargo, su detección y clasificación se dificulta por la diversidad de enzimas que hacen parte de este mecanismo. Objetivo: Evaluar la concordancia entre los métodos de sinergia con disco de inhibidores, (EDTA/ APB), el método modificado de inactivación de carbapenémicos, (mCIM/eCIM) y la PCR, para la detección de carbapenemasas en aislamientos de Klebsiella pneumoniae, resistente a carbapenémicos de un laboratorio clínico del área metropolitana de Bucaramanga. Materiales y métodos: Se incluyeron 100 aislamientos de K. pneumoniae, que se presentaron como resistentes o intermedios al menos a un carbapenémico, probado por el sistema automatizado VITEK®2 XL. Para cada aislamiento se procesaron los métodos EDTA/APB, mCIM/eCIM y PCR. Además, se evaluó la reproducibilidad interevaluador entre las técnicas fenotípicas, así como la frecuencia de las carbapenemasas. El análisis se realizó mediante el coeficiente Kappa de Cohen. Resultados: El coeficiente de concordancia de Kappa de Cohen entre la técnica mCIM/eCIM y PCR fue de 0,705, (IC 95%: 0,470 – 0,872) con una reproducibilidad interevaluador, (RI) de 100% y entre el método EDTA/APB fue de 0,447, (IC 95%: 0,290 – 0,608) con RI del 94%. La mayor frecuencia obtenida se presentó en la enzima KPC con el 88% seguida de NDM con el 8%; en el 6% de los aislamientos se detectó la coexistencia de blaKPC y blaVIM. El 4% restante no presentó amplificación de los genes de estudio. Conclusiones: La técnica mCIM/eCIM podrían ser una buena alternativa para los laboratorios clínicos; sin embargo, se evidenció que la coexistencia de los genes blaKPC y blaVIM, limita los resultados de las pruebas fenotípicas, subestimando la presencia de alguna o ambas enzimas.
dc.description.abstractenglishDescription: The main mechanism of resistance reported in Klebsiella pneumoniae is the production of carbapenemases. For this reason, clinical laboratories have developed methods to identify these isolates in a timely manner. However, the detection and classification of carbapenemases are difficult because the enzyme diversity. Objective: To evaluate the concordance among the inhibitor disk synergy method, (EDTA/APB), the modified carbapenem inactivation method, (mCIM/eCIM), and PCR for the detection of carbapenemases in carbapenem-resistant Klebsiella pneumoniae isolates from a clinical laboratory in the metropolitan area of Bucaramanga. Materials y methods: 100 K. pneumoniae isolates, that were resistant or intermediate to at least one carbapenem, tested by the VITEK®2 XL automated system, were included. For each isolate, the EDTA/APB, mCIM/eCIM and PCR methods were processed. In addition, the inter-rater reliability between the phenotypic techniques was evaluated, as well as the frequency of carbapenemases. The analysis was performed using Cohen's Kappa coefficient. Results: Cohen's Kappa coefficient between the m-CIM/e-CIM technique and PCR was 0.705, (95% CI: 0.470 - 0.872) with an inter-rater reliability, (IR) of 100%, and between the EDTA/APB and PCR was 0.447, (95% CI: 0.290 - 0.608) with an IR of 94%. KPC was the most frequent carbapenemase, (88%) followed by NDM, (8%); in 6% of the isolates the coexistence of blaKPC and blaVIM was detected. The remaining 4% of the isolates did not present amplification of the evaluated genes. Conclusions: The m-CIM/e-CIM technique could be a good alternative to detect carbapenemases for clinical laboratories. However, it was shown that the coexistence of the blaKPC and blaVIM genes limits the results of the phenotypic tests, underestimating the presence of one or both enzymes.
dc.description.degreelevelMaestría
dc.description.degreenameMagíster en Microbiología
dc.format.mimetypeapplication/pdf
dc.identifier.instnameUniversidad Industrial de Santander
dc.identifier.reponameUniversidad Industrial de Santander
dc.identifier.repourlhttps://noesis.uis.edu.co
dc.identifier.urihttps://noesis.uis.edu.co/handle/20.500.14071/11807
dc.language.isospa
dc.publisherUniversidad Industrial de Santander
dc.publisher.facultyFacultad de Salud
dc.publisher.programMaestría en Microbiología
dc.publisher.schoolEscuela de Microbiología
dc.rightsinfo:eu-repo/semantics/openAccess
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dc.rights.coarhttp://purl.org/coar/access_right/c_abf2
dc.rights.creativecommonsAtribución-NoComercial-SinDerivadas 4.0 Internacional (CC BY-NC-ND 4.0)
dc.rights.licenseAttribution-NonCommercial 4.0 International (CC BY-NC 4.0)
dc.rights.urihttp://creativecommons.org/licenses/by-nc-nd/4.0/
dc.subjectCarbapenemasas
dc.subjectResistencia
dc.subjectKlebsiella pneumoniae
dc.subjectPCR
dc.subjecttécnicas fenotípicas
dc.subjectcarbapenémicos
dc.subject.keywordcarbapenemases
dc.subject.keywordResistance
dc.subject.keywordKlebsiella pneumoniae
dc.subject.keywordPCR
dc.subject.keywordphenotypic techniques
dc.subject.keywordcarbapenems
dc.titleEvaluación de la Concordancia entre Dos Métodos Microbiológicos y una Técnica Molecular para la Detección de Carbapenemasas en Aislamientos de Klebsiella pneumoniae Resistente a Carbapenémicos.
dc.title.englishEvaluation of the concordance between two microbiological methods and a molecular technique for the detection of carbapenemases in carbapenem-resistant Klebsiella pneumoniae isolates
dc.type.coarhttp://purl.org/coar/resource_type/c_bdcc
dc.type.hasversionhttp://purl.org/coar/version/c_b1a7d7d4d402bcce
dc.type.localTesis/Trabajo de grado - Monografía - Maestría
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