Determinación de la estructura tridimensional de conotoxinas de la superfamilia A, O1 aisladas de caracol “Conus ermineus” por secuenciación con Illumina utilizando el software AlphaFold2
No Thumbnail Available
Date
2023-05-27
Journal Title
Journal ISSN
Volume Title
Publisher
Universidad Industrial de Santander
Abstract
Las conotoxinas son pequeños péptidos ricos en disulfuro aislados del veneno de caracoles marinos del género Conus, que al unirse a canales iónicos estos péptidos poseen importantes funciones biológicas; es por ello, que se han convertido en objeto de importantes estudios, sin embargo, para comprender su función es fundamental su caracterización estructural, la cual aún se encuentra muy rezagada. Dado lo anterior, en este estudio se propuso
evaluar la capacidad de reconstrucción de las estructuras tridimensionales de algunos péptidos seleccionados usando AlphaFold2, un software basado en inteligencia artificial. Igualmente, se empleó PEP-FOLD2 el cual maneja un acercamiento con campos de fuerza para reconstruir la estructura tridimensional de las mismas secuencias. Finalmente, las estructuras obtenidas con AlphaFold2 se compararon con estructuras determinadas mediante RMN y RX. En este estudio AlphaFold2 demostró que logra recuperar la estructura de la cadena principal de péptidos con valores de pLDDT altos, lo que indica una buena precisión, pero presentó deficiencias en la recuperación de regiones flexibles y no logró recuperar en su totalidad los puentes disulfuro. Por otra parte, PEP-FOLD2 no logró recuperar ningún puente disulfuro, por lo tanto, no se tuvieron en cuenta las estructuras obtenidas con este software. AlphaFold2 demostró que a pesar de no recuperar con la misma precisión todas las estructuras es más confiable que PEP-FOLD2, sin embargo, dichas diferencias en la precisión podrían deberse a que el software no cuenta con suficientes bases de datos relacionadas a péptidos, dado lo anterior, se sugiere continuar entrenando el software en la predicción de estructuras tridimensionales de péptidos para de esta manera ampliar su base de datos.
Description
Keywords
Conotoxinas, Péptidos, AlphaFold2, Estructura tridimensional, PEP-FOLD2