Escuela de Microbiología

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Browsing Escuela de Microbiología by browse.metadata.advisor "Machuca Pérez, Mayra Alejandra"

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    Epidemiología molecular del Virus Sincitial Respiratorio y Rinovirus en población de Santander durante el periodo 2020 – 2024
    (Universidad Industrial de Santander, 2025-05-12) Chaparro Pico, William Fernando; Machuca Pérez, Mayra Alejandra; Díaz Galvis, Martha Lucía; Ramos Castañeda, José; Martínez Vega, Ruth Aralí
    Virus Sincitial Respiratorio (VSR) y Rinovirus (RV) son patógenos causantes de infecciones respiratorias agudas (IRA). VSR se divide en dos subgrupos, VSR-A y VSR-B, con los genotipos ON1 y BA como los más prevalentes a nivel mundial. RV comprende 169 genotipos distribuidos en tres especies: RV-A, RV-B y RV-C. Este estudio caracterizó, a nivel molecular, los genotipos/clados de VSR y RV, analizó la variabilidad genética y el patrón evolutivo de los virus identificados en muestras del tracto respiratorio de pacientes con IRA en Santander, recolectadas durante los periodos 2020–2021 y 2023–2024. Se analizaron secuencias del gen de la glicoproteína de fijación (G) de VSR y la región VP4-VP2 de RV en muestras positivas. Además, se estudiaron las características epidemiológicas y clínicas de la población con IRA por VSR y RV. VSR se detectó únicamente en muestras de 2023–2024. Todas las secuencias de VSR-A, obtenidas en este estudio, se agruparon con secuencias del genotipo ON1, mientras que las de VSR-B se agruparon con secuencias del genotipo BA-11. RV se detectó en ambos periodos; durante 2020–2021 circularon genotipos de las especies RV-A y RV-B, mientras que en 2023–2024 se observó un aumento en la proporción de casos y se identificaron genotipos de las tres especies. La pandemia de COVID-19 impactó la dinámica de VSR y RV. Tras la flexibilización de las medidas de bioseguridad, se registró un aumento en la proporción de casos de IRA en 2023–2024, y un incremento en la proporción de casos en población infantil. El análisis filogenético evidenció la presencia de clústeres monofiléticos de VSR y RV compuestos por secuencias de la época postpandemia, además, las tasas de evolución rápidas de ambos virus y la identificación de mutaciones en las regiones de nucleótidos analizadas que dieron lugar a cambios en las secuencias de aminoácidos, sugieren procesos de adaptación continuos y dinámicos que pueden contribuir a la aparición de nuevos genotipos/clados con nuevas propiedades de patogenicidad y mecanismos de evasión inmune. Este estudio resalta la importancia de la vigilancia molecular y epidemiológica de patógenos virales para comprender la evolución viral y su impacto en la salud pública.
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    Evaluación de la técnica de amplificación isotérmica mediada por bucles, como método para la caracterización de Escherichia coli asociada a infecciones del tracto urinario en pacientes pediátricos
    (Universidad Industrial de Santander, 2022-03-292022-04-19T16:43:05Z) Jaimes Caro, Elkin Johan; Machuca Pérez, Mayra Alejandra; Sosa Ávila, Luis Miguel; Martínez Vega, Ruth Aralí; Vásquez Rifo, Alejandro
    Las infecciones del tracto urinario (ITU) afectan a un alto número de pacientes pediátricos cada año y pueden ocasionar cuadros crónicos de salud cuando no se aplica un tratamiento adecuado a tiempo, por lo tanto, un diagnóstico rápido es esencial para disminuir la posibilidad de secuelas en los pacientes. La técnica de Amplificación Isotérmica Mediada por Bucles (LAMP) es una técnica molecular que ha sido implementada en el diagnóstico de algunas enfermedades infecciosas, mostrando alta sensibilidad y especificidad, y bajo costo de implementación. En este estudio se diseñaron protocolos LAMP para la identificación de Escherichia coli, el agente causal más aislado en infecciones urinarias, y la detección de betalactamasas de espectro extendido (BLEE). Utilizando herramientas bioinformáticas de libre acceso, se diseñaron iniciadores LAMP específicos para amplificar los genes blaTEM, blaSHV, blaCTX-M y el gen del ARN ribosomal 23S de Escherichia coli. Para las amplificaciones se empleó el kit WarmStart Colorimetric LAMP 2X New England Biolabs, 1,6 µM de iniciadores internos, 0,2 µM de iniciadores externos y 50 µg de ADN. La reacción de amplificación se incubó a 65 °C por 30 minutos antes de registrar el resultado. Las condiciones óptimas de amplificación fueron estandarizadas utilizando cepas de referencia como controles. Los protocolos LAMP estandarizados se emplearon para la caracterización de 15 aislamientos clínicos obtenidos de pacientes pediátricos con ITU, nueve fueron identificados como E. coli y seis aislamientos como portadores de genes codificantes para BLEE. Los protocolos LAMP desarrollados permitieron la detección molecular específica de E. coli en cada uno de los casos, incluso en presencia de ADN de otros Enterobacterales. A su vez, se detectó en las cepas control como en los aislamientos clínicos la presencia de genes codificantes para BLEE, coincidiendo con los resultados obtenidos de amplificación por PCR convencional por lo que podría ser implementada como una técnica molecular alternativa para la detección temprana de E. coli y genes de resistencia en pacientes pediátricos con ITU con miras a disminuir el tiempo de diagnóstico.