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Herramienta orientada a la web basada en un algoritmo de optimización de colonia de hormigas (och) para aproximar el plegamiento de una proteína en dos dimensiones (2d)

Resumen

Desde hace varias décadas se han venido utilizando técnicas computacionales para aproximar la conformación de una proteína a partir de la secuencia de aminoácidos que la compone, donde los resultados obtenidos no son tan precisos como si lo son las técnicas experimentales, sin embargo las técnicas computacionales si ofrecen aproximaciones útiles a menores costos. Frecuentemente este problema de optimización es estudiado a partir de modelos simplificados, extensamente usados para el estudio de enfoques algorítmicos del problema de la aproximación de la estructura protéica siendo este un problema computacionalmente difícil, prueba de ello es su grado de complejidad. Dado el planteamiento anterior los métodos de optimización heurísticos se perfilan como los más promisorios enfoques para abordar el problema donde se modela la energía libre de una cadena de aminoácidos dada y a partir de allí encontrar aquellas estructuras que minimicen dicha energía. En este trabajo se adaptada el algoritmo de optimización de colonia de hormigas a la problemática del plegamiento proteico basados en el modelo Hidrofóbico-Polar en 2D, donde se definieron las características principales presentes en el proceso de predicción de la estructura secundaria de las proteínas planteando este problema en términos de un problema de optimización. Además se desarrollo una herramienta con interfaz web permitiendo la interacción y visualización de los resultados generados por el algoritmo implementado, esta herramienta se implanto en un servidor, facilitando el acceso a esta a través de redes locales e internet.