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Análisis de diversidad genética de Phaethornis anthophilus en el Valle Medio del Río Magdalena

dc.contributor.advisorArbeláez Cortés, Enrique
dc.contributor.advisorRondón González, Fernando
dc.contributor.authorViviescas-Ortiz, Danilo
dc.contributor.evaluatorMarchant Rojas, Sergio Andrés
dc.date.accessioned2025-11-18T16:18:21Z
dc.date.available2025-11-18T16:18:21Z
dc.date.created2025-11-11
dc.date.issued2025-11-11
dc.description.abstractPhaethornis anthophilus es un colibrí semiendémico con distribución en tierras bajas hacia el norte y oriente de Colombia y a lo largo del valle del Magdalena. Esta especie es considerada un modelo adecuado para evaluar la relación filogeográfica de poblaciones cis- y transandinas separadas por la cordillera oriental, ya que en ambas vertientes han sido propuestas subespecies morfológicamente diferentes. El objetivo de este estudio fue analizar la diversidad genética y la filogeografía de P. anthophilus en Colombia usando genes mitocondriales. Se analizaron 53 muestras provenientes de 34 localidades, depositadas en colecciones biológicas (UIS-CT/IAvH-CT). Se extrajo ADN y se amplificaron dos genes mitocondriales (ND2 y COI) mediante PCR. Las secuencias fueron verificadas y editadas para generar los alineamientos. La diversidad y estructura genética se estimaron con los programas DnaSP6 y R. Adicionalmente, se construyeron redes de haplotipos en Network y filogenias en BEAST para describir el patrón filogeográfico de la especie. Se obtuvieron 25 secuencias para el gen ND2 y 46 para COI, generando un alineamiento concatenado de 1.299 pares de bases (n = 22). La red de haplotipos mostró dos haplogrupos principales: 1) la población de la Orinoquía (cisandina), altamente diferenciada de 2) las poblaciones del Caribe y del valle medio del Magdalena (transandinas). El árbol filogenético recuperó dos clados (cis- y transandino), cuya divergencia fue estimada en ~0.31 Ma. Los resultados respaldan la existencia de dos linajes evolutivos principales en P. anthophilus, que podrían corresponder a P. a. fuscicapillus (Orinoquía) y a P. a. anthophilus (Caribe y Magdalena medio). Estos resultados sugieren que la cordillera oriental ha funcionado como una barrera vicariante, probablemente por la desconexión de los bosques al norte de la cordillera debido a cambios climáticos y marinos pasados.
dc.description.abstractenglishPhaethornis anthophilus, the Pale-bellied Hermit, is a semi-endemic hummingbird distributed in the lowlands of northern and eastern Colombia and along the Magdalena valley. This species is considered a suitable model for assessing the phylogeographic relationship between cis- and trans-Andean populations separated by the eastern cordillera, as morphologically distinct subspecies have been proposed on both slopes. The objective of this study was to analyze the genetic diversity and phylogeography of P. anthophilus in Colombia using mitochondrial genes. Fifty-three samples from 34 localities, housed in biological collections (UIS-CT/IAvH-CT), were analyzed. DNA was extracted, and two mitochondrial genes (ND2 and COI) were amplified via PCR. The sequences were verified and edited to generate alignments. Genetic diversity and structure were estimated using DnaSP6 and R software. Additionally, haplotype networks were constructed in Network and phylogenies in BEAST to describe the species' phylogeographic pattern. We obtained 25 sequences for the ND2 gene and 46 for COI, generating a concatenated alignment of 1,299 base pairs (n = 22). The haplotype network revealed two main haplogroups: 1) the Orinoquía population (cis-Andean), which was highly differentiated from 2) the Caribbean and middle Magdalena valley populations (trans-Andean). The phylogenetic tree recovered two clades (cis- and trans-Andean), with an estimated divergence time of ~0.31 Mya. These results support the existence of two main evolutionary lineages in P. anthophilus, which could correspond to P. a. fuscicapillus (Orinoquía) and P. a. anthophilus (Caribbean and middle Magdalena). These findings suggest that the eastern cordillera has acted as a vicariant barrier, likely due to the disconnection of forests north of the mountain range driven by past climatic and marine changes.
dc.description.degreelevelPregrado
dc.description.degreenameBiólogo
dc.description.orcidhttps://orcid.org/0009-0003-0729-2923
dc.format.mimetypeapplication/pdf
dc.identifier.instnameUniversidad Industrial de Santander
dc.identifier.reponameUniversidad Industrial de Santander
dc.identifier.repourlhttps://noesis.uis.edu.co
dc.identifier.urihttps://noesis.uis.edu.co/handle/20.500.14071/46514
dc.language.isospa
dc.publisherUniversidad Industrial de Santander
dc.publisher.facultyFacultad de Ciencias
dc.publisher.programBiología
dc.publisher.schoolEscuela de Biología
dc.rightsinfo:eu-repo/semantics/openAccess
dc.rights.accessrightsinfo:eu-repo/semantics/openAccess
dc.rights.coarhttp://purl.org/coar/access_right/c_abf2
dc.rights.creativecommonsAtribución-NoComercial-SinDerivadas 4.0 Internacional (CC BY-NC-ND 4.0)
dc.rights.licenseAtribución-NoComercial-SinDerivadas 2.5 Colombia (CC BY-NC-ND 2.5 CO)
dc.rights.urihttps://creativecommons.org/licenses/by-nc-nd/4.0/
dc.subjectErmitaño
dc.subjectFilogeografía
dc.subjectCordillera oriental
dc.subjectValle del Magdalena
dc.subjectSubespecie
dc.subject.keywordHermit
dc.subject.keywordPhylogeography
dc.subject.keywordEastern Cordillera
dc.subject.keywordMagdalena Valley
dc.subject.keywordSubspecies
dc.titleAnálisis de diversidad genética de Phaethornis anthophilus en el Valle Medio del Río Magdalena
dc.title.englishGenetic Diversity Analysis of Phaethornis anthophilus in the Middle Magdalena River Valley
dc.type.coarhttp://purl.org/coar/resource_type/c_7a1f
dc.type.hasversionhttp://purl.org/coar/version/c_b1a7d7d4d402bcce
dc.type.localTesis/Trabajo de grado - Monografía - Pregrado
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