La emergencia de aislamientos de Mycobacterium tuberculosis resistente a los fármacos es un problema de salud pública. En Colombia, se estimaron 110 casos de tuberculosis multirresistente a los fármacos en el año 2012. El objetivo de este trabajo fue estudiar las regiones relacionadas con resistencia en los genes rpoB, katG, inhA, región reguladora de inhA e intergénica oxyR-ahpC, en aislamientos clínicos de M. tuberculosis del Departamento de Santander, Colombia. Se estudiaron los genes relacionados con resistencia a rifampicina (R) e isoniazida (H) en 50 aislamientos de M. tuberculosis aisladas en Santander. El ADN fue amplificado por RCP y los productos de RCP fueron secuenciados. Los datos obtenidos en la secuenciación fueron comparados con las secuencias reportadas en el Genbank para la cepa de referencia de M. tuberculosis H37Rv y las secuencias previamente reportadas en otros estudios. Se encontraron 21 aislamientos resistentes a H; los cambios encontrados fueron KatG S315T (95%), InhA S94A (9,5%), región reguladora de inhA -oxyR-ahpC -(4,8%). Hubo 9 aislamientos resistentes a R, la mutación con mayor frecuencia en rpoB se relacionó con H526L (28%), además, no se encontró la mutación S531L considerada la de mayor frecuencia de aparición en aislamientos clínicos resistentes a R. Este es el primer estudio que aborda este tema en Santander, la metodología de secuenciación de ADN implementada permite la detección temprana de farmacoresistencia en M. tuberculosis, cortando la cadena de transmisión de la enfermedad, Sin embargo, es necesario un análisis genotípico más a fondo de los aislamientos de Mycobacterium tuberculosis aisladas en esta región.