Herramienta web para predecir la estructura secundaria de proteínas usando máquinas de soporte vectorial

Covelli López, Jaime Andrés; Jaimes Vargas, Alberto

Publicación:
Herramienta web para predecir la estructura secundaria de proteínas usando máquinas de soporte vectorial

dc.contributor.advisor	Mendoza Castellanos, Alfonso
dc.contributor.advisor	Torres Sáez, Rodrigo Gonzalo
dc.contributor.advisor	Delgado Quintero, Dario Jose
dc.contributor.author	Covelli López, Jaime Andrés
dc.contributor.author	Jaimes Vargas, Alberto
dc.date.accessioned	2024-03-03T18:16:19Z
dc.date.available	2010
dc.date.available	2024-03-03T18:16:19Z
dc.date.created	2010
dc.date.issued	2010
dc.description.abstract	El presente proyecto tiene el propósito de llevar a la web el proceso de predicción de la estructura secundaria de una proteína, conociendo la secuencia primaria se puede codificar dicha secuencia en subsecuencias llamadas N-gramas, a su vez agregando información estadística y teniendo en cuenta las propiedades físico-químicas de los aminoácidos se puede generar información que permite establecer un conjunto de datos (Vector de Codificación) sobre el cual se hará la predicción de los motivos estructurales correspondientes a la estructura secundaria por medio del uso de máquinas de soporte vectorial, dicha predicción es un problema de multiclasificación y se resuelve a través de clasificadores binarios. Algunos métodos computacionales han demostrado ser de gran ayuda a la hora de predecir la estructura secundaria de una proteína, para este trabajo se emplearon Maquinas de Soporte Vectorial (MSV) las cuales partir de la cadena de aminoácidos (Estructura Primaria) pueden entrenarse para que aprendan a reconocer que subsecuencias de aminoácidos pueden producir determinados motivos estructurales (Estructura Secundaria). La herramienta se implementó en un entorno web a través de una aplicación Cliente-Servidor con la cual el usuario puede realizar la predicción de la estructura secundaria de una proteína de manera sencilla, ingresando la secuencia de aminoácidos a través de un formulario HTML y enviando la información a un Servlet que procesa la secuencia y retorna la predicción, esta herramienta web es importante debido a la disponibilidad y fácil acceso que ofrece, además es de gran ayuda a los usuarios que necesiten disponer de herramientas bioinformáticas que aporten en la obtención de resultados en sus investigaciones.
dc.description.abstractenglish	This project aims to bring the web the process of predicting the secondary structure of a protein, knowing the primary sequence can be encoded in the sequence called N-gram subsequences, in turn adding statistical information and taking into account the physico-chemical properties of amino acids can generate information that allows a data set (Vector Coding) on which make the prediction of structural reasons for secondary structure by using support vector machines, such Prediction is a problem and solve multiclassification through binary classifiers. Some computational methods have proved of great help in predicting the secondary structure of a protein to this work we employ Support Vector Machines (SVMs) from which the amino acid chain (primary structure) can be trained to learn to recognize that subsequences of amino acids can produce certain structural motifs (secondary structure). The tool was implemented in a web environment through a client-server application with which the user can predict the secondary structure of a protein simply by entering the sequence of amino acids through an HTML form and sending information to a servlet that processes the sequence and returns the prediction, this web tool is important because of the availability and easy access it offers is also helpful to users who need to provide bioinformatics tools in obtaining results research.
dc.description.degreelevel	Pregrado
dc.description.degreename	Ingeniero de Sistemas
dc.format.mimetype	application/pdf
dc.identifier.instname	Universidad Industrial de Santander
dc.identifier.reponame	Universidad Industrial de Santander
dc.identifier.repourl	https://noesis.uis.edu.co
dc.identifier.uri	https://noesis.uis.edu.co/handle/20.500.14071/24454
dc.language.iso	spa
dc.publisher	Universidad Industrial de Santander
dc.publisher.faculty	Facultad de Ingenierías Fisicomecánicas
dc.publisher.program	Ingeniería de Sistemas
dc.publisher.school	Escuela de Ingeniería de Sistemas e Informática
dc.rights	http://creativecommons.org/licenses/by/4.0/
dc.rights.accessrights	info:eu-repo/semantics/openAccess
dc.rights.creativecommons	Atribución-NoComercial-SinDerivadas 4.0 Internacional (CC BY-NC-ND 4.0)
dc.rights.license	Attribution-NonCommercial 4.0 International (CC BY-NC 4.0)
dc.rights.uri	http://creativecommons.org/licenses/by-nc/4.0
dc.subject	Estructura Secundaria
dc.subject	Máquinas de Soporte Vectorial
dc.subject	Predicción
dc.subject	Proteína.
dc.subject.keyword	Secondary Structure
dc.subject.keyword	Support Vector Machines
dc.subject.keyword	Prediction
dc.subject.keyword	Protein.
dc.title	Herramienta web para predecir la estructura secundaria de proteínas usando máquinas de soporte vectorial
dc.title.english	Web tool for predicting the secondary structure of proteins using support vector machinesƒ.
dc.type.coar	http://purl.org/coar/version/c_b1a7d7d4d402bcce
dc.type.hasversion	http://purl.org/coar/resource_type/c_7a1f
dc.type.local	Tesis/Trabajo de grado - Monografía - Pregrado
dspace.entity.type	Publication