En Colombia solo el 30% de la de las aguas residuales reciben algún tipo de tratamiento convencional y el 16% de éstas tienen una deficiente funcionalidad; quiere decir que el 70% de estas aguas están yendo directamente a las fuentes hídricas. El departamento de Santander representa el 2% de las aguas nacionales tratadas de las cuáles el 45% se encuentran en un estado regular. El 57% de los municipios del departamento de Santander son poblaciones menores a dos mil habitantes en su casco urbano, no tienen un sistema de tratamiento de aguas residuales, y otros incluso no cuentan con infraestructura de alcantarillado. Se presenta entonces la necesidad de implementación de un sistema para depurar estas aguas. En Europa y América del Norte se han usado los humedales construidos de flujo subsuperficial con buenos resultados, consiguiendo rendimientos de más del 90% en la remoción de DBO y del 30% al 40% de nitrógeno. En Colombia generalmente se utilizan tecnologías convencionales, que para pueblos pequeños representan altos costos, haciendo inviable su implementación. En este trabajo se plantean los HCFSS como opción de tratamiento en los municipios de Santander, evaluando sus costos de construcción, puesta en marcha y mantenimiento, para un periodo de diseño de quince años, realizando su comparación de costos respecto a tratamientos convencionales. Este análisis permitió establecer que esta nueva tecnología resulta ventajosa en términos de mantenimiento y operación, respecto a sistemas convencionales.