El presente trabajo de investigación tiene como objetivo diagnosticar el estado actual del sistema de innovación territorial en Colombia, con el fin de identificar los principales desafíos y oportunidades para el desarrollo regional. A través de una revisión bibliográfica, un análisis bibliométrico y la evaluación de actores clave en los territorios, se aborda la dinámica de los sistemas regionales de innovación desde un enfoque cualitativo y descriptivo. El estudio revela limitaciones estructurales en infraestructura, capital humano y financiamiento, así como una débil articulación entre los actores del sistema (academia, gobierno, empresa y sociedad civil). Para ello, se desarrolló una base de datos que sistematiza la información de actores por departamento, y se aplicó una matriz DOFA para analizar sus capacidades de innovación. Como resultado, se destaca la necesidad de fortalecer la gobernanza territorial, mejorar los mecanismos de colaboración y promover estrategias de especialización inteligente. El diagnóstico propuesto ofrece una herramienta para la formulación de políticas públicas más efectivas, encaminadas a reducir las brechas regionales y fomentar ecosistemas de innovación sostenibles e inclusivos en Colombia.