Identification of the intra-serotypic diversity in denv-1 based on the monophyly criterion

Abstract

La clasificación de mayor prevalencia sobre la diversidad intra-serotípica en dengue tipo 1 reconoce cinco genotipos con base en un criterio de máxima divergencia nucleotídica del 6%. Aunque los genotipos difieren en su distribución geográfica, la variación intra-serotípica es frecuentemente asociada con dinámicas espaciales y temporales. En este estudio, evaluamos el criterio de monofilia para determinar la diversidad intra-serotípica en dengue tipo 1, además describimos la forma como patrones espacio-temporales estructuran la diversidad de secuencias y sus relaciones filogenéticas. Para direccionar estos componentes, comparamos 993 secuencias completas del gen E a partir de un muestreo extensivo de cepas aisladas en todo mundo e incluimos 51 nuevas secuencias para el nororiente de Colombia. El set de datos se seleccionó con base en un análisis de agrupamiento en el cual un umbral de identidad de 99.5% fue el valor de corte más informativo, representando los datos espaciales y temporales de los aislados virales muestreados. La reconstrucción de las topologías fue realizada a partir de acercamientos filogenéticos y basados en distancias. Así mismo las hipótesis construidas fueron comparadas a partir de un test de selección de árboles bajo el criterio de máxima verosimilitud. En este estudio, caracterizamos seis genotipos, los cuales fueron reconocidos bajo la mayoría de acercamientos como grupos monofiléticos. Estos genotipos compartieron patrones de distribución parciales aunque no se identificó un área común de circulación. El análisis de agrupamiento evidenció una asociación estructurada inicialmente por espacialidad y sub-estructurada por patrones temporales, los cuales correspondieron a la ocurrencia de períodos epidémicos generalmente evidentes a nivel local. Finalmente, identificamos las secuencias generadas en este estudio dentro del genotipo IV, agrupandose con secuencias correspondientes a América Latina