Diseño e implementación de un prototipo para la comparación de secuencias 2d de proteínas

Abstract

El diseño y desarrollo de un prototipo que permita y apoye la comparación y elucidación de secuencias 2D de proteínas aplicando el método de Análisis de Clusters Hidrofóbicos (HCA) ha sido el eje central y el resultado del presente proyecto, el cual busca ser un aporte a la tecnología de identificación de secuencias. El análisis de agregados hidrofóbicos, es un método de comparación que facilita la caracterización de secuencias de proteínas localizadas en entornos de baja identidad, el cual, ha hecho posible predecir conformaciones estructurales, y características funcionales difícilmente detectables por los métodos de comparación 1D. Ésta metodología, depende de la habilidad ojo-cerebro humanos para reconocer, descifrar y asociar correctamente las similitudes entre imágenes complejas con desigual información biológica; por tanto, constituye un proceso dispendioso que frecuentemente exige realizar múltiples alineamientos hasta encontrar el de mejor grado de identidad. La realización del presente proyecto, ofrece como resultado una alternativa computacional para superar dichos inconvenientes en la comparación por HCA, ya que apropia los criterios inherentes al método para disminuir el grado de subjetividad y de dificultad en la comparación habitual. En las pruebas realizadas, se obtuvieron resultados similares a los obtenidos en comparaciones echas por expertos usando el método visual, adicionalmente, se instaló el sistema de comparación sobre una aplicación soportada en ambiente Web, la cual se probó en línea sobre un servidor bajo plataforma Linux en el grupo GIFTEX adscrito a la escuela de Química de la Universidad Industrial de Santander.