Análisis evolutivo del gen PRKN en el orden Primates

Abstract

La Enfermedad de Parkinson es un trastorno neurodegenerativo que afecta a la población mundial. Se estima que el número de personas afectadas aumentará a los 17 millones para el 2040. Aunque no se conocen las características fisiológicas de la enfermedad, se ha establecido una relación con variantes y mutaciones del gen PRKN. El gen se caracteriza por tener un tamaño promedio de 1 200 000 pb. Sin embargo, el ARNm tiene un tamaño promedio de 4000 pb, lo cual hace que tan sólo el 0.3% del gen sean exones. La diferencia de tamaño entre exones e intrones predispone diversas preguntas acerca de su origen, así como la posibilidad de encontrar ARNm dentro de ellos, sin embargo, no se sabe el estado evolutivo de PRKN en Primates, ni las posibles implicaciones fisiológicas del mismo. Para esto, se descargaron del GenBank las secuencias del gen PRKN de Primates y se delimitaron exones e intrones a partir de sus variantes. Se caracterizó la estructura proteica y se identificó la fase de los intrones de PRKN. Se hizo una comparación de posibles ORFs y exones dentro de los intrones de PRKN, y se estableció una relación evolutiva a partir de un árbol filogenético. La organización estructural promedio del gen se compone por entre 11 y 12 exones, los cuales mantienen un patrón de conservación hacia el extremo 3’. Así mismo, las fases de los intrones se mantienen conservadas hacia esta misma región, lo que significa que son intrones antiguos. La estructura de la proteína se mostró con mayor variación. Se determinaron posibles ORFs dentro de los intrones de las secuencias, así como sitios funcionales, los cuales se mostraron conservados. La especie C. jacchus mostró una agrupación filogenética en un suborden diferente. Aunque el gen esté conservado, los diferentes arreglos exónicos y posibles ORFs promueven cambios en PRKN.