La transmisión de virus con envoltura a través de fómites representa un desafío para el desarrollo de desinfectantes eficaces, sostenibles y de amplio espectro. En este estudio, se empleó acoplamiento molecular para explorar los posibles mecanismos de acción virucida de 29 terpenos y 15 flavonoides derivados del aceite esencial y extracto de Lippia alba frente a glicoproteínas de fusión de SARS-CoV-2, Influenza A, VIH-1 y virus sincitial respiratorio. En este trabajo de grado los resultados mostraron que los flavonoides glucosilados presentaron mayores afinidades de unión (-7.44 a -10.40 kcal/mol) en comparación con los terpenos (-5.01 a -7.82 kcal/mol). Esta diferencia se relaciona con la capacidad de los flavonoides para establecer múltiples puentes de hidrógenos, mientras que los terpenos interactúan principalmente mediante interacciones hidrofóbicas. El análisis espacial de los complejos mostró que ambos grupos de metabolitos se unen a dominios estructurales conservados involucrados en la fusión viral, incluyendo péptidos de fusión, regiones heptadéticas (HR1/HR2) y el dominio III. Estas interacciones podrían interferir con los cambios conformacionales requeridos para la entrada de los virus a la célula huésped. En conjunto, estos hallazgos sugieren que Lippia alba constituye una fuente promisoria de compuestos con potencial actividad virucidal y posibles aplicaciones en formulaciones desinfectantes. Sin embargo, se requieren estudios experimentales in vitro para validar estos efectos y determinar su eficacia bajo condiciones reales de uso.