Comparación empírica de dos métodos biogeográficos : optimización de árboles basada en parsimonia y análisis de subárboles libres de paralogía

Abstract

Este estudio presenta una comparación entre dos métodos biogeográficos; la optimizaron de árboles basada en parsimonia (PTF) y el análisis de subárboles libres de paralogia, a través de sus implementaciones TreeFitter y LisBeth respectivamente, para encontrar sus similaridades y diferencias. Nosotros construimos set de datos simulados y colectamos set de datos reales de previas publicaciones, implementamos ambos métodos y calculamos tanto el número de nodos iguales y compatibles compartidos entre ambos como los parámetros que influencian la símilaridad topológica. Con los resultados obtenidos observamos que ambos métodos encuentran patrones de relaciones de áreas muy diferentes. El único caso donde es siempre posible encontrar un patrón idéntico de relaciones entre ambos métodos es cuando el set de datos no tiene más de una instancia de ambigúedad. Los resultados también muestran que la diferencia entre ambos métodos no es dependiente de la cantidad de ambigúedad en el set de datos, sino mas bien de la posición de la instancia de ambigúedad en cada areagrama inicial/TAC, es decir la diferencia entre ambos métodos es debida a su disimilaridad teórica en el tratamiento de la ambigúedad mas que la acumulación de ruido en los set de datos. Le marco teórico de estos métodos es tan diferente que los resultados similares podrían interpretarse como una coincidencia. Esto refleja la “crisis de identidad” que sufre actualmente la biogeografía, Como un programa de investigación que no comparte objetivos metodológicos consistentes y usualmente resulta en patrones de relaciones contradictorios.