Evaluación del programa computacional geinexorf-v1 para la determinación de la posición, fase de intrones y traducción de exones obtenidos de bases de datos públicas

Abstract

La bioinformática es crucial en el estudio del ensamble de genomas, al aumentar la eficiencia en la identificación de las regiones que componen a los genomas virales, procariontes y eucariontes. Sin embargo, los programas computacionales actuales, diseñados para eucariotas, no consideran la fase del intrón y la traducción de los exones. El método bioinformático de tercera generación GeInExORF-v1 permite la identificación de intrones y exones presentes en una secuencia de ácidos nucleicos. Además, a diferencia de otros, genera el posible marco abierto de lectura de la secuencia de los exones, delimita los intrones y determina su fase. No obstante, dicha herramienta informática no ha sido evaluada por expertos en ciencias naturales. Por lo tanto, se hizo fundamental validar su funcionamiento en genes con diferentes cantidades de intrones, obtenidos de bases de datos públicas como el GenBank. Para ello, se alineó cada Gen, con su respectivo mRNA y ORF, después por medio de GeInExORF-v1 se obtuvieron; los posibles intrones, su fase, los exones con los productos proteicos que codifican y el proceso fisiológico en que pueden participar y se demostró su importancia biológica. Por lo anterior, GeInExORF-v1 facilitará la identificación de nuevas regiones genómicas de forma rápida y eficaz.