Similaridad genética, tiempo y geografía en el virus del dengue

Abstract

En los últimos años el número de secuencias virales disponibles ha aumentado, dando paso a nuevos estudios de virus patógenos donde se centran en integrar datos genéticos con datos geográficos y temporales para comprender las dinámicas evolutivas de los virus. En este trabajo evaluamos la relación entre las distancias genéticas del virus del Dengue, calculadas mediante el método libre de alineamiento k-mer, con los patrones geográficos y temporales, a través de tres análisis estadísticos: el test de Mantel, el análisis de redundancia canónica basado en distancias (db-RDA) y el análisis de procrustes. Los tres análisis muestran que la variabilidad genética del genoma del Dengue no es explicada por su geografía ni por su temporalidad, mientras que, los resultados del db-RDA y el test de Mantel muestran correlación significativa (p = 0.047; p = 0.006 respectivamente) entre el gen de la envoltura (Gen E) y la temporalidad del virus del Dengue, lo que sugiere una estructura temporal para este gen. Los resultados que obtuvimos con el test de Mantel se destacan porque se encuentra correlación entre las distancias genéticas del gen E con las distancias temporales y geográficas, mientras que ninguna correlación es significativa para el genoma, lo que sugiere que el gen E es un buen candidato para profundizar en estudios sobre las dinámicas evolutivas del virus del Dengue. __