La presente investigación propone el diseño de un marco de trabajo para el cálculo de un índice de innovación territorial en Colombia a escala municipal, abordando la necesidad de contar con herramientas de medición adaptadas a las realidades de los países en desarrollo y que superen los enfoques estandarizados. A partir de una revisión sistemática de literatura y el análisis de modelos internacionales, se estructuró una batería de indicadores agrupados en dos grandes dimensiones: Condiciones Habilitantes (Capital Humano, Infraestructura y Esfuerzo Financiero) y Salidas de Innovación (Sofisticación Exportadora, Producción Científica y Producción Intelectual). La metodología integró un tratamiento estadístico, incluyendo la imputación de datos, la detección de valores atípicos y el Análisis de Componentes Principales (PCA), complementado con pruebas de robustez para validar la estructura del índice. Los resultados ofrecen un instrumento metodológicamente sólido que mitiga los sesgos por tamaño poblacional y redundancia de datos, permitiendo a los tomadores de decisiones identificar brechas y potencialidades locales para la formulación de políticas públicas de innovación diferenciadas y basadas en evidencia.