La simbiosis entre plantas de Theobroma cacao y hongos micorrízicos arbusculares (HMA) confiere beneficios nutricionales y competitivos a la planta, especialmente en condiciones de baja disponibilidad de nutrientes. En esta investigación se evaluó los efectos de la aplicación del isoflavonoide formononetina sobre la simbiosis micorrízica arbuscular y el crecimiento de plántulas de T. cacao, en diferentes concentraciones en partes por millón de fósforo (P) (baja, óptima, media y alta). Siete tratamientos en total fueron evaluados con la variable de ausencia y presencia en la aplicación de formononetina, inoculados con HMA nativos, excepto el tratamiento control. Los resultados demuestran que caracteres morfológicos arquitecturales de la planta, no presentaron respuesta de forma diferencial a la disponibilidad del isoflavonoide durante las tres épocas de muestreo; la longitud radicular presentó diferencias significativas en las diferentes épocas de muestreo (a los 70, 110 y 150 días de inoculación), siendo esta una tendencia conservativa y una respuesta adaptativa a la disponibilidad de P y a la interacción planta-micorriza. La asignación de biomasa total no mostró diferencias significativas. El porcentaje de colonización no demuestra un estímulo a una alta y rápida colonización en el tratamiento donde se aplicó el isoflavonoide, pero el número de esporas presentó respuestas diferenciales a la aplicación de formononetina, mostrando un rápido estímulo en el establecimiento de la relación simbiótica, proceso de esporulación y formación de estructuras fúngicas.