Desarrollo de código en paralelo de dinámica molecular para el estudio de zeolitas
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Date
2007
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Publisher
Universidad Industrial de Santander
Abstract
La Dinámica Molecular (DM) es una técnica computacional que monitorea de manera determinística la posición de las partículas de un sistema termodinámico en función del tiempo. Esto se logra mediante la integración de las ecuaciones clásicas de movimiento de Newton. En la DM las fuerzas de interacción entre las partículas se calcula a través de los potenciales de corto (van der Waals y enlazantes) y largo alcance (Coulomb). Es bien conocido que el cálculo de la fuerza es la etapa mas demandante de recursos computacionales en los cálculos de DM, este cálculo representa aproximadamente 90% del tiempo que un procesador tardaría en cada ciclo. En este trabajo se presentan los resultados de la implementación de un código de DM en paralelo para el estudio de zeolitas, escrito en C++, que utiliza las librerías MPI y que corre en un clusterfl de computadores del tipo Beowulf. Después de verificar la validez de los resultados mediante la comparación con los obtenidos con el código en serie se procedió a hacer el análisis de rendimiento y eficiencia de la paralelización a través de la evaluación del modelo, el método, la comunicación, la eficiencia y el costo de paralelización, obteniendo datos muy satisfactorios. Por otro lado, se ha utilizado una nueva metodología para el cálculo de las interacciones electrostáticas, que disminuyen sustancialmente los tiempos de ejecución.
Description
Keywords
Dinámica Molecular, Zeolitas, Variables Termodinámicas, Programación en paralelo, MPI, cluster Beowulf.