Evaluación de un programa para la generacion de bases de datos con secuencias del año 2017 del gen de la hemaglutinina del virus de influenza a h1n1
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Date
2019
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Publisher
Universidad Industrial de Santander
Abstract
En la pandemia de Influenza A H1N1 del 2009, algunos pacientes que presentaban la sintomatología de infección por este virus eran diagnosticados como falsos negativos por la RT-PCR, debido a la ausencia en la polimerización de los genes para la Hemaglutinina (HA), Nucleocápside y las Proteínas de Matriz M1 y M2. Con una base de datos que incluyó todas las secuencias genómicas hasta el año 2010 del virus, generada por 10 personas durante 18 meses, se determinó que el resultado fue debido a procesos evolutivos del genoma viral; por ello, fueron diseñados nuevos cebadores que diagnosticaron la infección en 150 pacientes. Para solucionar los tiempos de construcción de la base de datos, se generó el programa BioDataToolkit v1.0 cuyo objetivo fue obtener del GenBank: la fecha de colección, país, hospedero, organismo, segmento, serotipo, cepa, el número de acceso y el ORF de cada cepa, para ubicarlos por columnas en Excel, para manejar la información en minutos. Sin embargo, el programa no había sido determinado a nivel biológico, lo cual se realizó en esta pasantía con el gen HA del virus de Influenza A H1N1 del 2017. Se determinó que la combinación óptima para obtener la mayoría de las secuencias fue “Influenza a virus 4 segment h1n1 2017 complete CDS”; con ellas, se generó un formato GenBank full que empleó el programa para su análisis. Desde la versión 1.0 se generó la página de Excel, pero la información no permitía análisis biológicos por tanto los programadores realizaron las modificaciones requeridas en cada validación hasta generar la versión 5.0 la cual permite obtener la información de cada secuencia en columnas y los formatos Fasta en minutos, para la generación de secuencias consenso y análisis filogenéticos. Sin embargo, es necesario la generación de la v6.0 para concluir la optimización del programa BioDataToolkit.
Description
Keywords
Virus Influenza A H1N1, Bases De Datos, Bioinformática, Minería De Datos.