Phylogenetic and biogeographical relationship of denv-3 in Latin America

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dc.contributor.advisorMiranda Esquivel, Daniel Rafael
dc.contributor.advisorOcaziones Jimenez, Raquel Elvira
dc.contributor.authorVillabona Arenas, Christian Julián
dc.date.accessioned2024-03-03T17:02:03Z
dc.date.available2008
dc.date.available2024-03-03T17:02:03Z
dc.date.created2008
dc.date.issued2008
dc.description.abstractEl virus del Dengue tipo 3 (DENV-3) fue reportado en las Américas en 1994 y desde entonces ha expandido su rango geográfico hacia la mayor parte de los países latinoamericanos. En Colombia, la introducción del DENV-3 fue por primera vez documentada en el 2001 en Santander, un departamento cercano a la frontera con Venezuela. Para determinar la relación filogenética y biogeográfica del DENV-3 en Latinoamérica, se secuenció el gen de la envoltura viral de 21 aislados colombianos muestreado en un periodo de siete años, y junto con los aislados disponibles en las bases de datos se llevaron acaba análisis filogenéticos usando parsimonia y Máxima Verosimilitud (ML). Todas las optimizaciones con ML y los diferentes costos con parsimonia recuperaron en mismo cladograma general pero con distintos niveles de resolución. En todos los análisis los aislados latinoamericanos agruparon con la cepa de Sri Lanka, perteneciendo al genotipo III. Todos los análisis mostraron que el DENV-3 circulando en Latinoamérica desde 1994 puede ser agrupado en 5 grupos donde las asociaciones filogenéticas están dadas con la proximidad geográfica. Un análisis biogeográfico usando un análisis de dispersión-vicarianza mostro tres distintos escenarios que representan las áreas ancestrales más plausible para el genotipo. El área común a los tres escenarios fue Centroamérica. Finalmente, teniendo en cuenta la distribución temporal y las asociaciones filogenéticas, se hipotetiza que existen al menos dos rutas de entrada del genotipo hacia Colombia, a través de Venezuela y Ecuador-Perú.
dc.description.abstractenglishDengue virus type 3 (DENV-3) was reported in the Americas in Panama in 1994 and has spread subsequently to most Latin American countries. In Colombia, the introduction of DENV-3 was first reported in 2001 in Santander, a state near to Venezuela. To determine the phylogenetic and biogeographical relationship of DENV-3 in Latin America, we sequenced the complete envelope gene sequence of 21 Colombian viruses sampled over a seven year period, and together with available Latin American sequences deposited in Genbank we performed detailed phylogenetic analyses using both maximum likelihood (ML) and parsimony methods. All the optimizations with ML and the different cost schemes with parsimony recovered the same general cladogram with different levels of resolution. In all the analyses the American isolates grouped with a Sri-Lankan strain, belonging to subtype III. All analyses also showed that DENV-3 circulating in Latin America since 1994 could be grouped in five main clades where the phylogenetic associations of the strains correlated with their geographic proximity. A biogeographical analysis using the dispersionvicariance optimal distribution showed three different areas of the Americas represented the most likely ancestral sources for the DENV-3. One of these areas was Central America. Finally, taking into account the temporal distribution and the phylogenetic associations, we hypothesize that DENV-3 was introduced into Colombia through Venezuela and through Ecuador or Peru.
dc.description.degreelevelPregrado
dc.description.degreenameBiólogo
dc.format.mimetypeapplication/pdf
dc.identifier.instnameUniversidad Industrial de Santander
dc.identifier.reponameUniversidad Industrial de Santander
dc.identifier.repourlhttps://noesis.uis.edu.co
dc.identifier.urihttps://noesis.uis.edu.co/handle/20.500.14071/20872
dc.language.isospa
dc.publisherUniversidad Industrial de Santander
dc.publisher.facultyFacultad de Ciencias
dc.publisher.programBiología
dc.publisher.schoolEscuela de Biología
dc.rightshttp://creativecommons.org/licenses/by/4.0/
dc.rights.accessrightsinfo:eu-repo/semantics/openAccess
dc.rights.creativecommonsAtribución-NoComercial-SinDerivadas 4.0 Internacional (CC BY-NC-ND 4.0)
dc.rights.licenseAttribution-NonCommercial 4.0 International (CC BY-NC 4.0)
dc.rights.urihttp://creativecommons.org/licenses/by-nc/4.0
dc.subjectVirus del dengue
dc.subjectLatinoamérica
dc.subjectFilogenia
dc.subjectBiogeografía.
dc.subject.keywordDengue virus
dc.subject.keywordLatin America
dc.subject.keywordPhylogeny
dc.subject.keywordBiogeography.
dc.titlePhylogenetic and biogeographical relationship of denv-3 in Latin America
dc.title.englishPhylogenetic and biogeographical relationship of denv3 in latin america*
dc.type.coarhttp://purl.org/coar/version/c_b1a7d7d4d402bcce
dc.type.hasversionhttp://purl.org/coar/resource_type/c_7a1f
dc.type.localTesis/Trabajo de grado - Monografía - Pregrado
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Biología