Identificación de SARS-CoV-2 en muestras de saliva por medio de RT-qPCR con la Solución Desnaturalizante

Navarro Barón, Nathaniel Alejandro

Identificación de SARS-CoV-2 en muestras de saliva por medio de RT-qPCR con la Solución Desnaturalizante

dc.contributor.advisor	Martínez Pérez, Francisco José
dc.contributor.advisor	Vera Cala, Lina María
dc.contributor.author	Navarro Barón, Nathaniel Alejandro
dc.contributor.evaluator	Hernández Torres, Jorge
dc.date.accessioned	2023-10-10T13:05:25Z
dc.date.available	2023-10-10T13:05:25Z
dc.date.created	2023-10-08
dc.date.issued	2023-10-08
dc.description.abstract	La pandemia producida por el virus SARS-CoV-2 incentivó el desarrollo de métodos precisos para su identificación y diagnóstico. Dentro de estos se encuentran los diseñados con base en la Reacción en Cadena de la Polimerasa con Transcripción Inversa en Tiempo Real de un Paso (RT-qPCR). Uno de ellos es el propuesto por el Centros para el Control y Prevención de Enfermedades de los Estados Unidos de América (CDC) que emplea dos regiones del gen de la nucleocápside N viral. Sin embargo, la aparición de nuevas variantes y las estructuras secundarias de ARN pueden afectar la RT-qPCR generando resultados falsos negativos. Para ello, en muestras de hisopado nasofaríngeo se adiciona a la reacción una solución de Cloruro de Tetraetilamonio (TEA) o Dimetilsulfóxido; pero no se han demostrado sus efectos en muestras de saliva. En esta pasantía, se demostró que el uso de esta solución en el ARN purificado por magnetismo y con los cebadores y sondas para las dos regiones del gen N del kit de RT-qPCR del CDC se genera una ligera disminución o aumento de la señal de cuantificación en muestras individuales. Sin embargo, en muestras agrupadas y con ambos cebadores y sondas, con la misma reacción se mejora significativamente la señal. La validación in silico del patrón de hibridación con variantes de SARS-CoV-2 indica que el resultado estará en función de la variante de sARS-CoV-2. Con lo anterior se ratifica que el uso de ambos reactivos químicos en las reacciones de RT-qPCR de kits de identificación internacionales para SARS-CoV-2 son una opción de mejora para el diagnóstico en pacientes.
dc.description.abstractenglish	The pandemic produced by the SARS-CoV-2 virus encouraged the development of precise methods for its identification and diagnosis. Among these are those designed based on the One-Step Real-Time Reverse Transcription Polymerase Chain Reaction (RT-qPCR). One of them is the one proposed by the Centers for Disease Control and Prevention of the United States of America (CDC) that uses two regions of the viral N nucleocapsid gene. However, the appearance of new variants and RNA secondary structures can affect RT-qPCR, generating false negative results. To do this, in nasopharyngeal swab samples, a solution of Tetraethylammonium Chloride (TEA) or Dimethylsulfoxide is added to the reaction, but their effects have not been demonstrated in saliva samples. In this internship, it was shown that the use of this solution on RNA purified by magnetism and with the primers and probes for the two regions of Gene N from the CDC RT-qPCR kit generates a slight decrease or increase in the signal of quantification in individual samples. However, in pooled samples and with both primers and probes with the same reaction the signal is significantly improved. The in silico validation of the hybridization pattern with SARS-CoV-2 variants indicates that the result will depend on the SARS-CoV-2 variant. With the above, it is confirmed that the use of both chemical reagents in the RT-qPCR reactions of international identification kits for SARS-CoV-2 are an option for improvement for diagnosis in patients.
dc.description.cvlac	https://scienti.minciencias.gov.co/cvlac/visualizador/generarCurriculoCv.do?cod_rh=0001999014
dc.description.degreelevel	Pregrado
dc.description.degreename	Biólogo
dc.description.googlescholar	https://scholar.google.com/citations?hl=es&user=vAyiv-EAAAAJ
dc.description.orcid	https://orcid.org/0009-0003-0984-2837
dc.format.mimetype	application/pdf
dc.identifier.instname	Universidad Industrial de Santander
dc.identifier.reponame	Universidad Industrial de Santander
dc.identifier.repourl	https://noesis.uis.edu.co
dc.identifier.uri	https://noesis.uis.edu.co/handle/20.500.14071/15041
dc.language.iso	spa
dc.publisher	Universidad Industrial de Santander
dc.publisher.faculty	Facultad de Ciencias
dc.publisher.program	Biología
dc.publisher.school	Escuela de Biología
dc.rights	info:eu-repo/semantics/openAccess
dc.rights.accessrights	info:eu-repo/semantics/openAccess
dc.rights.coar	http://purl.org/coar/access_right/c_abf2
dc.rights.creativecommons	Atribución-NoComercial-SinDerivadas 4.0 Internacional (CC BY-NC-ND 4.0)
dc.rights.license	Attribution-NonCommercial 4.0 International (CC BY-NC 4.0)
dc.rights.uri	http://creativecommons.org/licenses/by-nc-nd/4.0/
dc.subject	SARS-CoV-2
dc.subject	RT-qPCR
dc.subject	Identificación viral
dc.subject.keyword	SARS-CoV-2
dc.subject.keyword	RT-qPCR
dc.subject.keyword	Identification viral
dc.title	Identificación de SARS-CoV-2 en muestras de saliva por medio de RT-qPCR con la Solución Desnaturalizante
dc.title.english	Identification of SARS-CoV-2 in Saliva Samples by Means of RT-qPCR with the Denaturing Solution
dc.type.coar	http://purl.org/coar/resource_type/c_7a1f
dc.type.hasversion	http://purl.org/coar/version/c_b1a7d7d4d402bcce
dc.type.local	Tesis/Trabajo de grado - Monografía - Pregrado