Herramienta orientada a la web basada en un algoritmo de optimización de colonia de hormigas (och) para aproximar el plegamiento de una proteína en dos dimensiones (2d)

Simple item page
dc.contributor.advisorMendoza Castellanos, Alfonso
dc.contributor.advisorTorres Sáez, Rodrigo Gonzalo
dc.contributor.advisorDelgado Quintero, Darío Jose
dc.contributor.authorObregón Carreño, Álvaro Andrés
dc.contributor.authorGomez Rojas, John Fredy
dc.date.accessioned2024-03-03T18:38:27Z
dc.date.available2011
dc.date.available2024-03-03T18:38:27Z
dc.date.created2011
dc.date.issued2011
dc.description.abstractDesde hace varias décadas se han venido utilizando técnicas computacionales para aproximar la conformación de una proteína a partir de la secuencia de aminoácidos que la compone, donde los resultados obtenidos no son tan precisos como si lo son las técnicas experimentales, sin embargo las técnicas computacionales si ofrecen aproximaciones útiles a menores costos. Frecuentemente este problema de optimización es estudiado a partir de modelos simplificados, extensamente usados para el estudio de enfoques algorítmicos del problema de la aproximación de la estructura protéica siendo este un problema computacionalmente difícil, prueba de ello es su grado de complejidad. Dado el planteamiento anterior los métodos de optimización heurísticos se perfilan como los más promisorios enfoques para abordar el problema donde se modela la energía libre de una cadena de aminoácidos dada y a partir de allí encontrar aquellas estructuras que minimicen dicha energía. En este trabajo se adaptada el algoritmo de optimización de colonia de hormigas a la problemática del plegamiento proteico basados en el modelo Hidrofóbico-Polar en 2D, donde se definieron las características principales presentes en el proceso de predicción de la estructura secundaria de las proteínas planteando este problema en términos de un problema de optimización. Además se desarrollo una herramienta con interfaz web permitiendo la interacción y visualización de los resultados generados por el algoritmo implementado, esta herramienta se implanto en un servidor, facilitando el acceso a esta a través de redes locales e internet.
dc.description.abstractenglishFor several decades, computational techniques have been used to approach the conformation of a protein from the sequence of amino acids that composes it, where the results are not as precise as if they are experimental techniques, nevertheless computational techniques if provide useful approximations to lower costs. Often this optimization problem is studied based on simplified models, widely used for the study of algorithmic approaches to the problem of approximation of protein structure, this being a computationally difficult problem, the proof is its complexity. Given the above approach heuristic optimization methods are emerging as the most promising approaches to the problem which models the free energy of a given amino acid chain and from there find the structures that minimize this energy. In this work we adapted the algorithm of ant colony optimization to the problem of protein folding, model-based 2D Hydrophobic-Polar, where defined the main features present in the process of predicting the protein secondary structure posed this problem in terms of an optimization problem. In addition we developed a tool with a web interface allowing interaction and visualization of results generated by the algorithm, this tool is implanted on a server, providing access to this through local networks and internet.
dc.description.degreelevelPregrado
dc.description.degreenameIngeniero de Sistemas
dc.format.mimetypeapplication/pdf
dc.identifier.instnameUniversidad Industrial de Santander
dc.identifier.reponameUniversidad Industrial de Santander
dc.identifier.repourlhttps://noesis.uis.edu.co
dc.identifier.urihttps://noesis.uis.edu.co/handle/20.500.14071/25173
dc.language.isospa
dc.publisherUniversidad Industrial de Santander
dc.publisher.facultyFacultad de Ingenierías Fisicomecánicas
dc.publisher.programIngeniería de Sistemas
dc.publisher.schoolEscuela de Ingeniería de Sistemas e Informática
dc.rightshttp://creativecommons.org/licenses/by/4.0/
dc.rights.accessrightsinfo:eu-repo/semantics/openAccess
dc.rights.creativecommonsAtribución-NoComercial-SinDerivadas 4.0 Internacional (CC BY-NC-ND 4.0)
dc.rights.licenseAttribution-NonCommercial 4.0 International (CC BY-NC 4.0)
dc.rights.urihttp://creativecommons.org/licenses/by-nc/4.0
dc.subjectOptimización de Colonia de Hormigas
dc.subjectPlegamiento de Proteínas
dc.subjectModelo HidrofóbicoPolar
dc.subjectProteína
dc.subjectModelo HP
dc.subjectOCH
dc.subjectACO
dc.subjectalgoritmo de hormigas
dc.subjectoptimización
dc.subject.keywordAnts Colony Optimization
dc.subject.keywordProtein Folding
dc.subject.keywordHydrophobic-Polar Model
dc.subject.keywordACO
dc.subject.keywordHP model.
dc.titleHerramienta orientada a la web basada en un algoritmo de optimización de colonia de hormigas (och) para aproximar el plegamiento de una proteína en dos dimensiones (2d)
dc.title.englishTool oriented to the web based on an Ants Colony Optimization (ACO) algorithm to approach the fold of a protein in two dimensions (2D)
dc.type.coarhttp://purl.org/coar/version/c_b1a7d7d4d402bcce
dc.type.hasversionhttp://purl.org/coar/resource_type/c_7a1f
dc.type.localTesis/Trabajo de grado - Monografía - Pregrado
Files
Original bundle
Now showing 1 - 3 of 3
No Thumbnail Available
Name:
Carta de autorización.pdf
Size:
3.87 MB
Format:
Adobe Portable Document Format
Download
No Thumbnail Available
Name:
Documento.pdf
Size:
13.12 MB
Format:
Adobe Portable Document Format
Download
No Thumbnail Available
Name:
Nota de proyecto.pdf
Size:
4.2 MB
Format:
Adobe Portable Document Format
Download
Collections
Ingeniería de Sistemas