Epidemiología molecular del Virus Sincitial Respiratorio y Rinovirus en población de Santander durante el periodo 2020 – 2024

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dc.contributor.advisorMachuca Pérez, Mayra Alejandra
dc.contributor.advisorDíaz Galvis, Martha Lucía
dc.contributor.authorChaparro Pico, William Fernando
dc.contributor.evaluatorRamos Castañeda, José
dc.contributor.evaluatorMartínez Vega, Ruth Aralí
dc.date.accessioned2025-05-23T18:23:54Z
dc.date.available2025-05-23T18:23:54Z
dc.date.created2025-05-12
dc.date.issued2025-05-12
dc.description.abstractVirus Sincitial Respiratorio (VSR) y Rinovirus (RV) son patógenos causantes de infecciones respiratorias agudas (IRA). VSR se divide en dos subgrupos, VSR-A y VSR-B, con los genotipos ON1 y BA como los más prevalentes a nivel mundial. RV comprende 169 genotipos distribuidos en tres especies: RV-A, RV-B y RV-C. Este estudio caracterizó, a nivel molecular, los genotipos/clados de VSR y RV, analizó la variabilidad genética y el patrón evolutivo de los virus identificados en muestras del tracto respiratorio de pacientes con IRA en Santander, recolectadas durante los periodos 2020–2021 y 2023–2024. Se analizaron secuencias del gen de la glicoproteína de fijación (G) de VSR y la región VP4-VP2 de RV en muestras positivas. Además, se estudiaron las características epidemiológicas y clínicas de la población con IRA por VSR y RV. VSR se detectó únicamente en muestras de 2023–2024. Todas las secuencias de VSR-A, obtenidas en este estudio, se agruparon con secuencias del genotipo ON1, mientras que las de VSR-B se agruparon con secuencias del genotipo BA-11. RV se detectó en ambos periodos; durante 2020–2021 circularon genotipos de las especies RV-A y RV-B, mientras que en 2023–2024 se observó un aumento en la proporción de casos y se identificaron genotipos de las tres especies. La pandemia de COVID-19 impactó la dinámica de VSR y RV. Tras la flexibilización de las medidas de bioseguridad, se registró un aumento en la proporción de casos de IRA en 2023–2024, y un incremento en la proporción de casos en población infantil. El análisis filogenético evidenció la presencia de clústeres monofiléticos de VSR y RV compuestos por secuencias de la época postpandemia, además, las tasas de evolución rápidas de ambos virus y la identificación de mutaciones en las regiones de nucleótidos analizadas que dieron lugar a cambios en las secuencias de aminoácidos, sugieren procesos de adaptación continuos y dinámicos que pueden contribuir a la aparición de nuevos genotipos/clados con nuevas propiedades de patogenicidad y mecanismos de evasión inmune. Este estudio resalta la importancia de la vigilancia molecular y epidemiológica de patógenos virales para comprender la evolución viral y su impacto en la salud pública.
dc.description.abstractenglishRespiratory Syncytial Virus (RSV) and Rhinovirus (RV) are major etiological agents of acute respiratory infections (ARI). RSV is classified into two subgroups, RSV-A and RSV-B, with ON1 and BA being the most globally prevalent genotypes. RV comprises 169 genotypes distributed across three species: RV-A, RV-B, and RV-C. This study conducted a molecular characterization of RSV and RV genotypes/clades, assessed genetic variability, and investigated the evolutionary dynamics of these viruses detected in respiratory tract samples from ARI patients in Santander, collected during the 2020–2021 and 2023–2024 periods. Sequences from the RSV attachment glycoprotein (G) gene and the RV VP4-VP2 region were analyzed in positive samples. In addition, the epidemiological and clinical characteristics of ARI cases associated with RSV and RV were examined. RSV was exclusively detected in samples from 2023–2024. All RSV-A sequences generated in this study clustered within the ON1 genotype, whereas RSV-B sequences grouped within the BA-11 genotype. RV was detected in both periods; during 2020–2021, genotypes from the RV-A and RV-B species were identified, while in 2023–2024, an increased proportion of cases was observed, with genotypes from all three species detected. The COVID-19 pandemic influenced RSV and RV circulation dynamics. Following the relaxation of biosafety measures, a higher proportion of ARI cases was recorded in 2023–2024, along with an increased incidence in pediatric patients. Phylogenetic analysis revealed the presence of monophyletic clusters of RSV and RV composed of post-pandemic sequences. Furthermore, the high evolutionary rates of both viruses and the identification of mutations in the analyzed nucleotide regions, leading to amino acid substitutions, suggest ongoing adaptive processes that may drive the emergence of novel genotypes/clades with enhanced pathogenicity and immune evasion mechanisms. This study underscores the importance of molecular and epidemiological surveillance of respiratory viruses to elucidate their evolutionary dynamics and assess their public health impact.
dc.description.cvlachttps://scienti.minciencias.gov.co/cvlac/visualizador/generarCurriculoCv.do?cod_rh=0001232797
dc.description.degreelevelMaestría
dc.description.degreenameMagíster en Microbiología
dc.description.googlescholarhttps://scholar.google.com/citations?user=ZLOtk8cAAAAJ&hl=en
dc.description.orcidhttps://orcid.org/0000-0003-4521-470X
dc.format.mimetypeapplication/pdf
dc.identifier.instnameUniversidad Industrial de Santander
dc.identifier.reponameUniversidad Industrial de Santander
dc.identifier.repourlhttps://noesis.uis.edu.co
dc.identifier.urihttps://noesis.uis.edu.co/handle/20.500.14071/45625
dc.language.isospa
dc.publisherUniversidad Industrial de Santander
dc.publisher.facultyFacultad de Salud
dc.publisher.programMaestría en Microbiología
dc.publisher.schoolEscuela de Microbiología
dc.rightsinfo:eu-repo/semantics/openAccess
dc.rights.accessrightsinfo:eu-repo/semantics/openAccess
dc.rights.coarhttp://purl.org/coar/access_right/c_abf2
dc.rights.creativecommonsAtribución-NoComercial-SinDerivadas 4.0 Internacional (CC BY-NC-ND 4.0)
dc.rights.licenseAtribución-NoComercial-SinDerivadas 2.5 Colombia (CC BY-NC-ND 2.5 CO)
dc.rights.urihttp://creativecommons.org/licenses/by-nc-nd/4.0/
dc.subjectEpidemiología molecular
dc.subjectVirus Sincitial Respiratorio
dc.subjectRinovirus
dc.subjectInfección respiratoria aguda
dc.subjectGenotipos
dc.subjectClados
dc.subjectAnálisis filogenético
dc.subject.keywordMolecular epidemiology
dc.subject.keywordRespiratory Syncytial Virus
dc.subject.keywordRhinovirus
dc.subject.keywordAcute respiratory infection
dc.subject.keywordGenotypes
dc.subject.keywordClades
dc.subject.keywordPhylogenetic analysis
dc.titleEpidemiología molecular del Virus Sincitial Respiratorio y Rinovirus en población de Santander durante el periodo 2020 – 2024
dc.title.englishMolecular epidemiology of Respiratory Syncytial Virus and Rhinovirus in the population of Santander during the years 2020–2024
dc.type.coarhttp://purl.org/coar/resource_type/c_bdcc
dc.type.hasversionhttp://purl.org/coar/version/c_b1a7d7d4d402bcce
dc.type.localTesis/Trabajo de grado - Monografía - Maestría
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