Identificación del Cambio de Marco Ribosómico Programado en la pérdida de regiones en el genoma de variantes genéticas de SARS-CoV-2 del departamento de Santander, Colombia

dc.contributor.advisorMartínez Pérez, Francisco José
dc.contributor.advisorVera Cala, Lina María
dc.contributor.authorNavarro Corredor, María Alejandra
dc.contributor.evaluatorHernández Torres, Jorge
dc.date.accessioned2023-05-11T13:41:26Z
dc.date.available2023-05-11T13:41:26Z
dc.date.created2023-05-09
dc.date.embargoEnd2026-05-08
dc.date.issued2023-05-09
dc.description.abstractDurante la pandemia de COVID-19, generada por el Betacoronavirus SARS-CoV-2, para mejorar el diagnóstico por RT-PCR y la secuenciación de los genomas virales de pacientes, se realizó la inclusión de un reactivo diseñado en función del genoma de SARS-CoV-2, que contiene una solución coadyuvante para desenredar el ARN y permitir la amplificación de la región seleccionada de SARS-CoV-2. Los resultados mostraron una mejora en el sistema de diagnóstico y en la secuenciación genómica. Su aplicación permitió la caracterización de 14 genomas de pacientes diagnosticados con COVID-19 en Santander. Asimismo, de otros genomas con pérdida de codones que presentaron cambios en los Marcos Abiertos de Lectura (ORF), exhibiendo, en algunos codones de paro similitud con el modelo de Cambio de Marco Ribosómico Programado (PRF). Debido a la posibilidad de que los codones de paro pudieran haberse generado durante el ensamble computacional y no tuvieran relevancia biológica, se realizó una validación in silico de estos genomas, identificando una posible explicación a la existencia de genomas con estas características, haciendo una identificación del modelo PRF en algunas de las regiones con pérdidas, así como el desarrollo de una base de datos con secuencias de algunas variantes reportadas en la base de datos de GISAID para identificar patrones de similitud entre las secuencias y los genomas aquí obtenidos. La comparación de los genomas secuenciados con respecto a los genomas obtenidos de las variantes reportadas en GISAID evidenció un patrón de pérdida de nucleótidos, regulado por el modelo de PRF.
dc.description.abstractenglishDuring the COVID-19 pandemic, generated by the SARS-CoV-2 Betacoronavirus, to improve RT-PCR diagnosis and sequencing of patient viral genomes, the inclusion of a reagent designed based on the SARS-CoV-2 genome, containing a coadjuvant solution to unravel the RNA and allow amplification of the targeted region of SARS-CoV-2, was performed. The results showed an improvement in the diagnostic system and genomic sequencing. Its application allowed the characterization of 14 genomes of patients diagnosed with COVID-19 in Santander. Likewise, other genomes with codon loss presented changes in the Open Reading Frames (ORF), exhibiting, in some stop codons, similarity with the Programmed Ribosomal Frameshift (PRF) model. Due to the possibility that the stop codons could have been generated during computational assembly and had no biological relevance, an in silico validation of these genomes was performed, identifying a possible explanation for the existence of genomes with these characteristics, determining the PRF model in some of the regions with losses, as well as developing a database with sequences of some variants reported in the GISAID database to identify patterns of similarity between the sequences and the genomes obtained here. Comparing the sequenced genomes with the genomes obtained from the variants reported in GISAID showed a nucleotide loss pattern regulated by the PRF model.
dc.description.degreelevelPregrado
dc.description.degreenameBiólogo
dc.description.orcidhttps://orcid.org/0000-0002-6640-8282
dc.format.mimetypeapplication/pdf
dc.identifier.instnameUniversidad Industrial de Santander
dc.identifier.reponameUniversidad Industrial de Santander
dc.identifier.repourlhttps://noesis.uis.edu.co
dc.identifier.urihttps://noesis.uis.edu.co/handle/20.500.14071/14250
dc.language.isospa
dc.publisherUniversidad Industrial de Santander
dc.publisher.facultyFacultad de Ciencias
dc.publisher.programBiología
dc.publisher.schoolEscuela de Biología
dc.rightsinfo:eu-repo/semantics/openAccess
dc.rights.accessrightsinfo:eu-repo/semantics/openAccess
dc.rights.coarhttp://purl.org/coar/access_right/c_abf2
dc.rights.creativecommonsAtribución-NoComercial-SinDerivadas 4.0 Internacional (CC BY-NC-ND 4.0)
dc.rights.licenseAttribution-NonCommercial 4.0 International (CC BY-NC 4.0)
dc.rights.urihttp://creativecommons.org/licenses/by-nc-nd/4.0/
dc.subjectSARS-CoV-2
dc.subjectADNc
dc.subjectCambio de Marco Ribosómico Programado
dc.subjectidentificación de variantes virales
dc.subjectgenoma viral
dc.subject.keywordSARS-CoV-2
dc.subject.keywordcDNA
dc.subject.keywordProgrammed Ribosomal Frameshift
dc.subject.keywordidentification of viral variants
dc.subject.keywordviral genome
dc.titleIdentificación del Cambio de Marco Ribosómico Programado en la pérdida de regiones en el genoma de variantes genéticas de SARS-CoV-2 del departamento de Santander, Colombia
dc.title.englishIdentification of Programmed Ribosomal Frameshift in the loss of regions in the genome of genetic variants of SARS-CoV-2 from the department of Santander, Colombia
dc.type.coarhttp://purl.org/coar/resource_type/c_7a1f
dc.type.hasversionhttp://purl.org/coar/version/c_b1a7d7d4d402bcce
dc.type.localTesis/Trabajo de grado - Monografía - Pregrado
dspace.entity.type
Files
Original bundle
Now showing 1 - 5 of 12
No Thumbnail Available
Name:
Documento.pdf
Size:
2.17 MB
Format:
Adobe Portable Document Format
No Thumbnail Available
Name:
Carta de autorización de uso.pdf
Size:
63.81 KB
Format:
Adobe Portable Document Format
No Thumbnail Available
Name:
Nota del proyecto.pdf
Size:
263.91 KB
Format:
Adobe Portable Document Format
No Thumbnail Available
Name:
Carta confidencialidad.pdf
Size:
271.94 KB
Format:
Adobe Portable Document Format
No Thumbnail Available
Name:
Apéndice A. Control de calidad de las lecturas, FastQC.rar
Size:
18.99 MB
Format:
Unknown data format
License bundle
Now showing 1 - 1 of 1
No Thumbnail Available
Name:
license.txt
Size:
2.18 KB
Format:
Item-specific license agreed to upon submission
Description:
Collections