Identificación del Cambio de Marco Ribosómico Programado en la pérdida de regiones en el genoma de variantes genéticas de SARS-CoV-2 del departamento de Santander, Colombia

Navarro Corredor, María Alejandra

Identificación del Cambio de Marco Ribosómico Programado en la pérdida de regiones en el genoma de variantes genéticas de SARS-CoV-2 del departamento de Santander, Colombia

dc.contributor.advisor	Martínez Pérez, Francisco José
dc.contributor.advisor	Vera Cala, Lina María
dc.contributor.author	Navarro Corredor, María Alejandra
dc.contributor.evaluator	Hernández Torres, Jorge
dc.date.accessioned	2023-05-11T13:41:26Z
dc.date.available	2023-05-11T13:41:26Z
dc.date.created	2023-05-09
dc.date.embargoEnd	2026-05-08
dc.date.issued	2023-05-09
dc.description.abstract	Durante la pandemia de COVID-19, generada por el Betacoronavirus SARS-CoV-2, para mejorar el diagnóstico por RT-PCR y la secuenciación de los genomas virales de pacientes, se realizó la inclusión de un reactivo diseñado en función del genoma de SARS-CoV-2, que contiene una solución coadyuvante para desenredar el ARN y permitir la amplificación de la región seleccionada de SARS-CoV-2. Los resultados mostraron una mejora en el sistema de diagnóstico y en la secuenciación genómica. Su aplicación permitió la caracterización de 14 genomas de pacientes diagnosticados con COVID-19 en Santander. Asimismo, de otros genomas con pérdida de codones que presentaron cambios en los Marcos Abiertos de Lectura (ORF), exhibiendo, en algunos codones de paro similitud con el modelo de Cambio de Marco Ribosómico Programado (PRF). Debido a la posibilidad de que los codones de paro pudieran haberse generado durante el ensamble computacional y no tuvieran relevancia biológica, se realizó una validación in silico de estos genomas, identificando una posible explicación a la existencia de genomas con estas características, haciendo una identificación del modelo PRF en algunas de las regiones con pérdidas, así como el desarrollo de una base de datos con secuencias de algunas variantes reportadas en la base de datos de GISAID para identificar patrones de similitud entre las secuencias y los genomas aquí obtenidos. La comparación de los genomas secuenciados con respecto a los genomas obtenidos de las variantes reportadas en GISAID evidenció un patrón de pérdida de nucleótidos, regulado por el modelo de PRF.
dc.description.abstractenglish	During the COVID-19 pandemic, generated by the SARS-CoV-2 Betacoronavirus, to improve RT-PCR diagnosis and sequencing of patient viral genomes, the inclusion of a reagent designed based on the SARS-CoV-2 genome, containing a coadjuvant solution to unravel the RNA and allow amplification of the targeted region of SARS-CoV-2, was performed. The results showed an improvement in the diagnostic system and genomic sequencing. Its application allowed the characterization of 14 genomes of patients diagnosed with COVID-19 in Santander. Likewise, other genomes with codon loss presented changes in the Open Reading Frames (ORF), exhibiting, in some stop codons, similarity with the Programmed Ribosomal Frameshift (PRF) model. Due to the possibility that the stop codons could have been generated during computational assembly and had no biological relevance, an in silico validation of these genomes was performed, identifying a possible explanation for the existence of genomes with these characteristics, determining the PRF model in some of the regions with losses, as well as developing a database with sequences of some variants reported in the GISAID database to identify patterns of similarity between the sequences and the genomes obtained here. Comparing the sequenced genomes with the genomes obtained from the variants reported in GISAID showed a nucleotide loss pattern regulated by the PRF model.
dc.description.degreelevel	Pregrado
dc.description.degreename	Biólogo
dc.description.orcid	https://orcid.org/0000-0002-6640-8282
dc.format.mimetype	application/pdf
dc.identifier.instname	Universidad Industrial de Santander
dc.identifier.reponame	Universidad Industrial de Santander
dc.identifier.repourl	https://noesis.uis.edu.co
dc.identifier.uri	https://noesis.uis.edu.co/handle/20.500.14071/14250
dc.language.iso	spa
dc.publisher	Universidad Industrial de Santander
dc.publisher.faculty	Facultad de Ciencias
dc.publisher.program	Biología
dc.publisher.school	Escuela de Biología
dc.rights	info:eu-repo/semantics/openAccess
dc.rights.accessrights	info:eu-repo/semantics/openAccess
dc.rights.coar	http://purl.org/coar/access_right/c_abf2
dc.rights.creativecommons	Atribución-NoComercial-SinDerivadas 4.0 Internacional (CC BY-NC-ND 4.0)
dc.rights.license	Attribution-NonCommercial 4.0 International (CC BY-NC 4.0)
dc.rights.uri	http://creativecommons.org/licenses/by-nc-nd/4.0/
dc.subject	SARS-CoV-2
dc.subject	ADNc
dc.subject	Cambio de Marco Ribosómico Programado
dc.subject	identificación de variantes virales
dc.subject	genoma viral
dc.subject.keyword	SARS-CoV-2
dc.subject.keyword	cDNA
dc.subject.keyword	Programmed Ribosomal Frameshift
dc.subject.keyword	identification of viral variants
dc.subject.keyword	viral genome
dc.title	Identificación del Cambio de Marco Ribosómico Programado en la pérdida de regiones en el genoma de variantes genéticas de SARS-CoV-2 del departamento de Santander, Colombia
dc.title.english	Identification of Programmed Ribosomal Frameshift in the loss of regions in the genome of genetic variants of SARS-CoV-2 from the department of Santander, Colombia
dc.type.coar	http://purl.org/coar/resource_type/c_7a1f
dc.type.hasversion	http://purl.org/coar/version/c_b1a7d7d4d402bcce
dc.type.local	Tesis/Trabajo de grado - Monografía - Pregrado
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