The phylogenetic relationships of dengue virus serotype 4 circulating in an endemic region of Colombia

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dc.contributor.advisorMiranda Esquivel, Daniel Rafael
dc.contributor.advisorOcazionez Jiménez, Raquel Elvira
dc.contributor.authorJiménez Silva, Cinthy Lorena
dc.date.accessioned2024-03-03T19:34:58Z
dc.date.available2012
dc.date.available2024-03-03T19:34:58Z
dc.date.created2012
dc.date.issued2012
dc.description.abstractEl virus del Dengue es el agente causal de la Fiebre del Dengue. Se conocen cuatro serotipos del virus (DENV-1, 2, 3 y 4), y cada uno se agrupan en varios genotipos. En Colombia, el virus del dengue es altamente endémico presentando la circulación de los cuatros serotipos. No obstante, se desconocen aspectos relacionados con la filogenia del serotipo 4. El objetivo planteado en este estudio, fue determinar las relaciones filogenéticas del virus del Dengue tipo 4 que circuló en un área endémica en Colombia. Se secuenciarón 9 cepas de Santander y Norte de Santander del gen E, las cuales fuerón aisladas por el CINTROP-UIS. Y junto a las secuencias disponibles en el GenBank se analizaron bajo un algoritmo de agrupamiento y alineamiento multiple, después se reconstruyó las relaciones filogenéticas bajo Parsimonia, Máxima Verosimilitud e Inferencia Bayesiana, adicionalmente se contrastó la información filogenética entre el gen E ye sus particiones. Estos análisis permitierón establecer tres linajes virales del genotipos II han circulado en Colombia, en diferentes períodos de tiempo. Esto sugiere más de una ruta de introduccción del serotipo hacia el país. Por otro lado, Las cepas del Nororiente Colombiano aisladas del 2000 al 2005 han co-circulado con el Caribe y Occidente de Venezuela; por lo tanto, un límite político no es una barrera geográfica. Esta información de relevancia en la vigilancia conjunta entre estas regiones.
dc.description.abstractenglishDengue viral disease is an emergent global health problem considered a continuing threat for 2.5 billion people at risk of infection. The DENV viruses are grouped within four serotypes. Dengue virus type 4 (DENV-4) has been around for 30 years in Colombia. However, the phylogenetic relationships of DENV-4 in Colombia are unknown. In this study, we present a robust reconstruction of the phylogenetic relationships of DENV-4 using the complete E gene of 9 isolates sampled in a period covering from 2000 to 2005, and all available E gene sequences from the Genbank, which are circulated in Colombia. Through the parsimony criterion, the maximum-likelihood and the bayesian analysis, which reconstructed the phylogenetic trees. The analyses revealed that Colombian strains were grouped in three viral lineages showing different dispersal routes toward Colombia. However, the phylogenetic relationships of Colombian viruses isolated in the period 2000-2005 were represented in third lineages and seem to have come from Venezuela. This study also confirms previous reports showing the circulation of genotype II-subclade 2 of DENV-4 in Colombia. Additionally, We showed the phylogenetic reconstructions based on different short fragments of the E gene allow Dengue virus serotyping and genotyping, but they are inappropriate 363 to recover the phylogenetic relationships.
dc.description.degreelevelPregrado
dc.description.degreenameBiólogo
dc.format.mimetypeapplication/pdf
dc.identifier.instnameUniversidad Industrial de Santander
dc.identifier.reponameUniversidad Industrial de Santander
dc.identifier.repourlhttps://noesis.uis.edu.co
dc.identifier.urihttps://noesis.uis.edu.co/handle/20.500.14071/27380
dc.language.isospa
dc.publisherUniversidad Industrial de Santander
dc.publisher.facultyFacultad de Ciencias
dc.publisher.programBiología
dc.publisher.schoolEscuela de Biología
dc.rightshttp://creativecommons.org/licenses/by/4.0/
dc.rights.accessrightsinfo:eu-repo/semantics/openAccess
dc.rights.creativecommonsAtribución-NoComercial-SinDerivadas 4.0 Internacional (CC BY-NC-ND 4.0)
dc.rights.licenseAttribution-NonCommercial 4.0 International (CC BY-NC 4.0)
dc.rights.urihttp://creativecommons.org/licenses/by-nc/4.0
dc.subjectDengue tipo 4 (DENV-4)
dc.subjectSerotipo
dc.subjectGenotipo.
dc.subject.keywordDengue type 4 (DENV-4)
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dc.subject.keywordGenotype.
dc.titleThe phylogenetic relationships of dengue virus serotype 4 circulating in an endemic region of Colombia
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dc.type.coarhttp://purl.org/coar/version/c_b1a7d7d4d402bcce
dc.type.hasversionhttp://purl.org/coar/resource_type/c_7a1f
dc.type.localTesis/Trabajo de grado - Monografía - Pregrado
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