Caracterización estructural y funcional de genes candidatos de defensa en la interacción coffea arábica - roya del cafeto

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dc.contributor.advisorGaitan Bustamante, Alvaro Leon
dc.contributor.advisorHernandez Torres, Jorge
dc.contributor.authorCárdenas Diaz, Fabian Leonardo
dc.date.accessioned2024-03-03T16:35:04Z
dc.date.available2007
dc.date.available2024-03-03T16:35:04Z
dc.date.created2007
dc.date.issued2007
dc.description.abstractDiez fragmentos entre 110 y 600 pb, generados a partir de librerías sustractivas de hoja de Coffea arabica inducidas con la roya del café (Hemileia vastatrix) 24 horas pos-inoculación, fueron utilizados para caracterizar estructuralmente las secuencias aledañas 5´ y 3´ mediante la técnica de GenomeWalker. Con una tasa de extensión promedio de 3,5 bases nuevas por cada base conocida, se obtuvieron 15 unigenes con longitudes que variaron entre 510 y 2900 pb. Sólo tres unigenes presentaron homología con secuencias reportadas en GenBank: un retrotransposon, una proteína rica en Glicina y una proteína de función desconocida de Arabidopsis thaliana, impidiendo asignar una función putativa a alguno de ellos. Para validar si estos genes podían considerarse como candidatos a genes de defensa en la interacción C. arabica Œ H. vastatrix se realizó un análisis de expresión diferencial relativa para cada una de las secuencias por medio de qRT-PCR en los dos genotipos de café, susceptible y resistente (cultivar Caturra e Híbrido de Timor), en una serie de tiempos de 39, 63 y 87 horas pos-inoculación. Dos secuencias (48H21 y 48H37) presentaron una inducción en su expresión en el genotipo resistente, en el tiempo descrito para la aparición de las primeras células madres de haustorio del patógeno (hora 63). La formación de las células del haustorio desencadena en otras plantas una cascada de defensas que culmina en interacciones incompatibles. Estudios más detallados de la expresión y estructura de estos genes pueden ser útiles para proveer herramientas para el diseño de alternativas de control genético más eficientes y durables para el café y otros cultivos.
dc.description.abstractenglishTen fragments varying in size between 110 and 600 bp, generated from subtractive libraries of Coffea arabica leaves induced with the coffee leaf rust (Hemileia vastatrix) 24 hours postinoculation, were use for the structural characterization of the 5ánd 3´flanking sequences of their genes using the GenomeWalker technique. With an average extension rate of 3,5 new bases for every known base, 15 unigenes were obtained with lengths between 510 and 2900 bp. Only three unigenes displayed homology to known sequences reported in Genbank: a retrotransposon, a glycine rich protein and a protein of unknown function from Arabidopsis thaliana, preventing the assignment of a putative function to any of them. To validate if these genes could be considered as defense genes candidates in the interaction Coffea arabica-H. vastatrix, a relative differential expression assay was carried out for every sequence by qRTPCR in the two coffee genotypes, susceptible and resistant (Caturra cultivar and Timor Hybrid), in a time series of 39, 63 and 87 hours post-inoculation. Two sequences (48H21 and 48H37) showed induction in their expression in the resistant genotype, in the time described for the onset of haustorial mother cells of the pathogen (63 hours). The formation of haustorial cells triggers in other plants a cascade of defenses that ends up in incompatible interactions. More detailed studies of the expression and structure of these genes could be useful to provide tools for designing more efficient and durable alternatives of genetic control of diseases in coffee and other crops
dc.description.degreelevelPregrado
dc.description.degreenameBiólogo
dc.format.mimetypeapplication/pdf
dc.identifier.instnameUniversidad Industrial de Santander
dc.identifier.reponameUniversidad Industrial de Santander
dc.identifier.repourlhttps://noesis.uis.edu.co
dc.identifier.urihttps://noesis.uis.edu.co/handle/20.500.14071/19988
dc.language.isospa
dc.publisherUniversidad Industrial de Santander
dc.publisher.facultyFacultad de Ciencias
dc.publisher.programBiología
dc.publisher.schoolEscuela de Biología
dc.rightshttp://creativecommons.org/licenses/by/4.0/
dc.rights.accessrightsinfo:eu-repo/semantics/openAccess
dc.rights.creativecommonsAtribución-NoComercial-SinDerivadas 4.0 Internacional (CC BY-NC-ND 4.0)
dc.rights.licenseAttribution-NonCommercial 4.0 International (CC BY-NC 4.0)
dc.rights.urihttp://creativecommons.org/licenses/by-nc/4.0
dc.subjectCoffea arabica
dc.subjectHemileia vastratix
dc.subjectQRT-PCR
dc.subjectGenomeWalker
dc.subjectExpresión relativa
dc.subjectDefensa.
dc.subject.keywordCoffea arabica
dc.subject.keywordHemileia vastratix
dc.subject.keywordQRT-PCR
dc.subject.keywordGenomeWalker
dc.subject.keywordRelative Expression
dc.subject.keywordDefense.
dc.titleCaracterización estructural y funcional de genes candidatos de defensa en la interacción coffea arábica - roya del cafeto
dc.title.englishFunctional and structural characterization of defense genes in the interaction c. arabica œ coffee leaf rust*
dc.type.coarhttp://purl.org/coar/version/c_b1a7d7d4d402bcce
dc.type.hasversionhttp://purl.org/coar/resource_type/c_7a1f
dc.type.localTesis/Trabajo de grado - Monografía - Pregrado
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