Contribución al protocolo de secuenciación del genoma de SARS-CoV-2 utilizando la tecnología genómica UIS

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dc.contributor.advisorMartínez Pérez, Francisco José
dc.contributor.advisorVera Cala, Lina María
dc.contributor.authorTorres Jiménez, Carolina Sofía
dc.contributor.evaluatorRondón González, Fernando
dc.date.accessioned2022-06-08T10:59:04Z
dc.date.available2022-06-08T10:59:04Z
dc.date.created2021
dc.date.issued2021
dc.description.abstractEntre los mecanismos de control y prevención de la pandemia ocasionada por la enfermedad infecciosa denominada COVID-19, causada por el Betacoronavirus SARS- CoV-2, se encuentran el estudio del origen del virus, el diagnóstico y el tratamiento de la enfermedad. Todos estos estudios se basan principalmente en el análisis del genoma viral, por lo que a nivel mundial se incentivó el desarrollo de tecnologías capaces de secuenciar el genoma completo de SARS-CoV-2, con el fin de mejorar los sistemas de diagnóstico y entender la naturaleza del virus. Por este motivo, en este trabajo se analizaron las características nucleotídicas de SARS-CoV-2, a partir de consensos mensuales generados de las secuencias del virus reportadas en la plataforma GISAID entre enero y octubre del año 2020. En función de estas, se diseñaron cebadores fundamentados en los criterios de la tecnología genómica UIS, que contribuyeron eficazmente en las reacciones de síntesis de ADNc. Además, se propone un protocolo con las concentraciones y condiciones de reacción para la síntesis de ADNc y un protocolo de secuenciación para el genoma completo de SARS-CoV-2, ambos con la inclusión de las mezclas COL-UIS y COL-UIS-dNTPs. Estas, junto con los cebadores diseñados, potenciaron la obtención del ADNc del virus SARS-CoV-2 demostrando su capacidad de aplicación en genomas virales ricos en AT. Finalmente, se concluye que la secuenciación del genoma completo del virus SARS- CoV-2 es posible al aplicar los principios de la tecnología genómica UIS, por lo tanto, al incluirla para el diseño de los cebadores, la síntesis de ADNc y en el protocolo de secuenciación propuesto, se favorece el proceso de secuenciación de genomas ricos en AT con la tecnología Ion Torrent.
dc.description.abstractenglishAmong the control and prevention mechanisms of the pandemic caused by the infectious disease termed COVID-19, caused by Betacoronavirus SARS-CoV-2, are the study of the origin of the virus, the diagnosis and treatment of the disease. All these studies are mainly based on the analysis of the viral genome, for this reason the development of technologies capable of sequencing the complete SARS-CoV-2 genome was encouraged worldwide, in order to improve diagnostic systems and understand the nature of the virus. For this reason, in this work the nucleotide characteristics of SARS-CoV-2 were analyzed, based on monthly consensus generated from the virus sequences reported on the GISAID platform between January and October 2020. Based on these, primers were designed according to UIS genomic technology, which effectively contributed to cDNA synthesis reactions. In addition, a protocol is proposed with the concentrations and reaction conditions for the synthesis of cDNA and a sequencing protocol for the complete SARS-CoV-2 genome, both with the inclusion of the COL-UIS and COL-UIS- dNTPs mixtures. These, along with the designed primers, enhanced the obtaining of the SARS- CoV-2 virus cDNA, demonstrating its applicability in AT-rich viral genomes. Finally, it is concluded that the sequencing of the complete genome of the SARS-CoV-2 virus is possible by applying the principles of UIS genomic technology, therefore, by including it for the design of the primers, the synthesis of cDNA and in the proposed sequencing protocol, the process of sequencing AT-rich genomes with Ion Torrent technology is favored.
dc.description.degreelevelPregrado
dc.description.degreenameBiólogo
dc.format.mimetypeapplication/pdf
dc.identifier.instnameUniversidad Industrial de Santander
dc.identifier.reponameUniversidad Industrial de Santander
dc.identifier.repourlhttps://noesis.uis.edu.co
dc.identifier.urihttps://noesis.uis.edu.co/handle/20.500.14071/10945
dc.language.isospa
dc.publisherUniversidad Industrial de Santander
dc.publisher.facultyFacultad de Ciencias
dc.publisher.programBiología
dc.publisher.schoolEscuela de Biología
dc.rightsinfo:eu-repo/semantics/openAccess
dc.rights.accessrightsinfo:eu-repo/semantics/openAccess
dc.rights.coarhttp://purl.org/coar/access_right/c_abf2
dc.rights.creativecommonsAtribución-NoComercial-SinDerivadas 4.0 Internacional (CC BY-NC-ND 4.0)
dc.rights.licenseAttribution-NonCommercial 4.0 International (CC BY-NC 4.0)
dc.rights.urihttp://creativecommons.org/licenses/by-nc-nd/4.0/
dc.subjectSecuenciación genómica
dc.subjectSARS-CoV-2
dc.subjectGenómica UIS
dc.subjectCOVID-19
dc.subjectADNc
dc.subject.keywordGenomic Sequencing
dc.subject.keywordSARS-CoV-2
dc.subject.keywordUIS genomics
dc.subject.keywordCOVID-19
dc.subject.keywordcDNA
dc.titleContribución al protocolo de secuenciación del genoma de SARS-CoV-2 utilizando la tecnología genómica UIS
dc.title.englishContribution to the SARS-CoV-2 genome sequencing protocol using UIS genomic technology
dc.type.coarhttp://purl.org/coar/resource_type/c_7a1f
dc.type.hasversionhttp://purl.org/coar/version/c_b1a7d7d4d402bcce
dc.type.localTesis/Trabajo de grado - Monografía - Pregrado
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