Estandarización de las condiciones de pcr anidada del gen receptor de la melanocortina-1 (mc1r) en aves del género ramphocelus

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dc.contributor.advisorMoreno Patiño, Jose Gregorio
dc.contributor.authorSilva Bernal, Camila Marleny
dc.date.accessioned2024-03-03T23:20:59Z
dc.date.available2017
dc.date.available2024-03-03T23:20:59Z
dc.date.created2017
dc.date.issued2017
dc.description.abstractLa modificación de los ecosistemas andinos colombianos a causa de actividades antropogénicas, ha conllevado a la fragmentación y ruptura de barreras naturales. Estos fenómenos suelen ser causas directas del contacto secundario, el cual puede redundar en la coexistencia y posible hibridación entre especies filogenéticamente cercanas y geográficamente separadas. Dicho proceso ha sido reportado entre especies del género Ramphocelus, dejando individuos con coloraciones intermedias del plumaje entre las especies involucradas. Dado que la coloración del plumaje tiene un fuerte componente genético, y que se ha demostrado que el gen receptor de la melanocortina-1m(MC1R) se asocia con el polimorfismo del color del plumaje en una amplia gama de especies de aves, se podrían utilizar las variantes presentes en la secuencia de dicho gen como marcador molecular que ayude a denotar eventos de hibridación. Con base en lo anterior el objetivo de la presente pasantía de investigación fue estandarizar las condiciones de amplificación del genmMC1R mediante el uso de la Reacción en Cadena de la Polimerasam(PCR) anidada y visualización del producto amplificado, a partir de muestras de individuos de R. icteronotus y R. dimidiatus, las cuales coexisten en zonas simpátricas del departamento de Santander. Para esto se siguió el protocolo de PCR publicado por MacDougall-Shackleton et.al.,(2003) en el Laboratorio de Genética de Poblaciones y de la Conservación de la Universidad Industrial de Santander (LGPC-UIS); se encontró que los productos de PCR pueden ser obtenidos a partir de 0,2U/µL de MaximamHotmStarmTaq y los ciclos de PCR incluyen el anhelamiento de los cebadores a 53°C. Fueron secuenciadas dos muestras por especie y se obtuvo 507pb después de edición. Con base en las secuencias MC1R de R. icteoronotus y R. dimidiatus, se identificaron dos sitios únicos por especie que posibilitan el uso de este gen como como marcador molecular de hibridación entre estas especies de Aves.
dc.description.abstractenglishThe modification of Colombian Andean ecosystems due to anthropogenic activities has led to the fragmentation and rupture of natural barriers. These phenomena are often direct causes of secondary contact, which can lead to coexistence and possible hybridization between phylogenetically close and geographically separate species. This process has been reported among species of the genus Ramphocelus, leaving individuals with intermediate plumage colorations among the species involved. Since plumage coloration has a strong genetic component, and the melanocortin-1 receptor gene (MC1R) has been shown to be associated with plumage color polymorphism in a wide range of bird species, it could be used The variants present in the sequence of said gene as molecular marker that helps to denote hybridization events. Based on the above, the objective of the present research internship was to standardize the amplification conditions of the MC1R gene through the use of Nested Polymerase Chain Reaction (PCR) and visualization of the amplified product, from samples of individuals from R. icteronotus and R. dimidiatus, which coexist in sympatric zones of the department of Santander. For this, the PCR protocol published by MacDougall-Shackleton et al., (2003) was followed in the Laboratory of Genetics of Populations and Conservation of the Industrial University of Santander (LGPC-UIS); It was found primer annealing at 53°C. Two samples per species were sequenced and 507bp after editing. Based on the MC1R sequences of R. icteoronotus and R. dimidiatus, two unique sites were identified per species that make possible the use of this gene as molecular marker of hybridization between these species of Birds.
dc.description.degreelevelPregrado
dc.description.degreenameBiólogo
dc.format.mimetypeapplication/pdf
dc.identifier.instnameUniversidad Industrial de Santander
dc.identifier.reponameUniversidad Industrial de Santander
dc.identifier.repourlhttps://noesis.uis.edu.co
dc.identifier.urihttps://noesis.uis.edu.co/handle/20.500.14071/36469
dc.language.isospa
dc.publisherUniversidad Industrial de Santander
dc.publisher.facultyFacultad de Ciencias
dc.publisher.programBiología
dc.publisher.schoolEscuela de Biología
dc.rightshttp://creativecommons.org/licenses/by/4.0/
dc.rights.accessrightsinfo:eu-repo/semantics/openAccess
dc.rights.creativecommonsAtribución-NoComercial-SinDerivadas 4.0 Internacional (CC BY-NC-ND 4.0)
dc.rights.licenseAttribution-NonCommercial 4.0 International (CC BY-NC 4.0)
dc.rights.urihttp://creativecommons.org/licenses/by-nc/4.0
dc.subjectRamphocelus
dc.subjectEstandarización
dc.subjectMc1R
dc.subjectPcr Anidada
dc.subjectAgarosa.
dc.subject.keywordRamphocelus
dc.subject.keywordStandardization
dc.subject.keywordMc1R
dc.subject.keywordNested Pcr
dc.subject.keywordAgarose.
dc.titleEstandarización de las condiciones de pcr anidada del gen receptor de la melanocortina-1 (mc1r) en aves del género ramphocelus
dc.title.englishStandardization of nested pcr conditions of the melanocortin-1 receptor gene (mc1r) in birds of the gene ramphocelus
dc.type.coarhttp://purl.org/coar/version/c_b1a7d7d4d402bcce
dc.type.hasversionhttp://purl.org/coar/resource_type/c_7a1f
dc.type.localTesis/Trabajo de grado - Monografía - Pregrado
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