Influencia del muestreo de terminales y particiones sobre la reconstrucción filogenética del virus del dengue usando análisis de inferencia bayesiana

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dc.contributor.advisorMiranda Esquivel, Daniel Rafael
dc.contributor.authorCalsada Rodriguez, Luis Manuel
dc.date.accessioned2023-04-05T03:43:19Z
dc.date.available2023
dc.date.available2023-04-05T03:43:19Z
dc.date.created2019
dc.date.issued2019
dc.description.abstractEl estudio de la filogenia del virus del Dengue (DENV) ha permitido comprender su historia evolutiva, su dinámica poblacional, además de ser útil en la clasificación taxonómica del mismo. En la estimación de estas filogenias se han utilizado distintas particiones y un número variable de terminales, sin embargo no es claro el criterio de selección de los datos o el efecto que podrían tener estas variables al realizar la reconstrucción filogenética. Por tanto, el propósito de este trabajo fue evaluar el efecto que tienen el tamaño del muestreo taxonómico y la partición utilizada en la estimación filogenética de DENV, para esto utilizamos una base de datos de 328 secuencias de genoma completo la cual submuestreamos en tamaños del 20% y el 70% de los terminales, a partir de estos muestreos construimos filogenias con diferentes regiones del genoma (10 genes, 2 combinaciones y la región de la Proteína 2K) que comparamos con la Evidencia Total (ET). Encontramos que la recuperación de genotipos es directamente proporcional al tamaño de la partición, aunque esta recuperación también se ve afectada por el tamaño de muestreo ya que las filogenias obtenidas a partir de un menor número de terminales presentan porcentajes más altos de recuperación. La similaridad topológica respecto a ET fue más alta al usarse un menor número de terminales y una secuencia de mayor longitud. En conclusión encontramos que las particiones de mayor longitud son más eficientes en la identificación taxonómica de DENV; sin embargo, éstas se ven afectadas por el número de terminales usados en la estimación de la filogenia.
dc.description.abstractenglishThe study of the phylogeny of dengue virus (DENV) has allowed us its taxonomic classification, and the understanding of its evolutionary and dynamic history. In the phylogenetic estimates, different genomic regions and a variable number of taxa have been included, however, the criteria for selecting the data or the effect of these variables on phylogenetic reconstruction is not clear. Therefore, the purpose of this work was to evaluate the effect of taxonomic sampling size and genomic region on the phylogenetic estimation of DENV. We use a database of 328 complete genome sequences that we sample in sets of 20 and 70%, and the phylogeny was reconstructed using different genomic partitions (10 genes, 2 combinations of genes and the 2K protein region) that we compared with a phylogeny obtained from a Total Evidence analysis (ET). The recovery of the genotype in the partitions is directly proportional to the size of the genomic region, although this is also affected by the number of taxa since the phylogeny obtained from a smaller number has higher recovery rates. The topological similarity with the total evidence was greater when a smaller number of taxa and a longer sequence size were used. In conclusion, longer genomic regions are more efficient in the taxonomic identification of DENV; however, this is affected by the number of taxa included in the phylogeny estimate.
dc.description.degreelevelPregrado
dc.description.degreenameBiólogo
dc.format.mimetypeapplication/pdf
dc.identifierUniversidad Industrial de Santander
dc.identifier.instnameUniversidad Industrial de Santander
dc.identifier.reponameUniversidad Industrial de Santander
dc.identifier.repourlhttps://noesis.uis.edu.co
dc.identifier.urihttps://noesis.uis.edu.co/handle/20.500.14071/12720
dc.language.isospa
dc.publisherUniversidad Industrial de Santander
dc.publisher.facultyFacultad de Ciencias
dc.publisher.programBiología
dc.publisher.schoolEscuela de Biología
dc.rightsinfo:eu-repo/semantics/openAccess
dc.rights.accessrightsinfo:eu-repo/semantics/openAccess
dc.rights.coarhttp://purl.org/coar/access_right/c_abf2
dc.rights.creativecommonsAtribución-NoComercial-SinDerivadas 4.0 Internacional (CC BY-NC-ND 4.0)
dc.rights.licenseAttribution-NonCommercial 4.0 International (CC BY-NC 4.0)
dc.rights.urihttp://creativecommons.org/licenses/by-nc-nd/4.0/
dc.subjectVirus Del Dengue
dc.subjectAnálisis Bayesiano
dc.subjectMuestreo
dc.subjectTerminales
dc.subjectGenoma.
dc.subject.keywordDengue Virus
dc.subject.keywordBayesian Inference
dc.subject.keywordSampling
dc.subject.keywordTaxon
dc.subject.keywordGenome.
dc.titleInfluencia del muestreo de terminales y particiones sobre la reconstrucción filogenética del virus del dengue usando análisis de inferencia bayesiana
dc.title.englishEffect of partition and taxon sampling on dengue virus phylogeny: an analysis using bayesian inference *
dc.type.coarhttp://purl.org/coar/version/c_b1a7d7d4d402bcce
dc.type.hasversionhttp://purl.org/coar/resource_type/c_7a1f
dc.type.localTesis/Trabajo de grado - Monografía - Pregrado
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Biología