Bases moleculares del cambio conformacional y aglomeración de la b-2-microglobulina efecto del cu+2 como mediador en la formación de fibras amiloides

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dc.contributor.advisorBlanco Tirado, Cristian
dc.contributor.authorBarón Rodríguez, Mario Alberto
dc.date.accessioned2024-03-03T19:37:47Z
dc.date.available2012
dc.date.available2024-03-03T19:37:47Z
dc.date.created2012
dc.date.issued2012
dc.description.abstractSe estudiaron las bases moleculares que posibilitan la formación de fibras amiloides a partir de unidades de 8-2-microglobulina (82m) utilizando métodos computacionales. Estas fibras se acumulan en el sistema músculo esquelético de pacientes con insuficiencia renal crónica, afección conocida como la amiloidosis relacionada con largos tratamientos de diálisis. De acuerdo con recientes estudios experimentales la formación de proto-fibras discretas, i.e. dímeros, tetrámero y hexámeros, es inducida por la unión del Cu? a la proteína. Para entender como se inicia el proceso de precipitación de la proteína se estudió el cambio conformacional y aglomeración de la 62m. Se realizaron múltiples simulaciones de docking ion - proteína, dinámica molecular, docking proteína - proteína y minimizaciones de energía para lograr este propósito. Los resultados de docking ion - proteína muestran que el Cu? se ubica en la vecindad de los residuos N-terminales y alrededor de la His31, en concordancia con las evidencias experimentales. Los resultados de dinámica molecular (DM) revelan la importancia del Cu? como factor desestabilizante de la conformación nativa de la proteína. Por otra parte, los resultados de docking holo-proteína - holo-proteína confirman la importancia del acoplamiento antiparale. unen a través de las láminas ABED - AB o entre los dos monómeros, los cuales se ED. También se corroboró la importancia de la conformación aplegada del bucle DE, consecuencia de la unión del Cu?Fen la proteína, en el acoplamiento antiparalelo tipolares muestran como el cambio de gr los monómeros promueven una pérdida . Además, los análisis de momentos mul1ipos funcionales en las láminas ABED de e complementariedad electrostática en la interfase del dímero. Finalmente, los resultados de docking dímero-82m - dímero-32m evidencian las dis- tintas posibilidades de las cofiguraciones tetraméricas de la holo-proteína. Además, muestran que la estructura más estable es el acoplamiento paralelo de dímeros me- diado por la interacción entre los fragmentos D de un dímero con las hojas G del dímero complementario.
dc.description.abstractenglishIn this work was used computational techniques to study molecular basis that enable formation of amyloid fibrils from 6-2-microglobulin (G2m) . These fibers accumulate in the skeletal muscle of patients with chronic renal failure, this condi- tion was called dialysis related amyloidosis. Experimental studies shown that Cu?+ binding to protein and induce pro xamer. o-fibril formation, i.e. dimer, tetramer and he- In this study we focus to understand molecular basis of amyloid fibrils formation from 62m. To achieve this purpos molecular dynamics, protein - pro tions. Resu! and His31, this result is consistent dynamics simulations also reveal which promotes protein conforma’ Resu! portance of antiparallel coupling antly, the hydrophobic residues o solvent. Furthermore, change o: complementarity in interface of dle structure is the parallel coup ragment dimer with G sheets of Research work in multipole moments of monomers, t Finally, results of 2m dimer - 62m etrameric configurations of holo-pro’ e, it was performed multiple ion - protein docking, ein docking simulations and energy minimiza- ts of ion - protein docking show that C'u?+ is located near N-terminal residues with experimental data. Results of molecular he importance of C'u?+ as a destabilizing factor ional change. ts of holo-protein - holo-protein docking simulations also confirmed the im- »etween two monomers, which bind through the ABED - ABED sheets, via electrostatic and van der Waals interactions. Impor- end to stay away from the surface area exposed functional groups on ABED sheets shown change hese change promote decrease of electrostatic imer. imer docking shown different possibilities of ein. In addition, shown that the most sta- ing of dimers mediated by interaction between D complementary dimer.
dc.description.degreelevelDoctorado
dc.description.degreenameDoctor en Química
dc.format.mimetypeapplication/pdf
dc.identifier.instnameUniversidad Industrial de Santander
dc.identifier.reponameUniversidad Industrial de Santander
dc.identifier.repourlhttps://noesis.uis.edu.co
dc.identifier.urihttps://noesis.uis.edu.co/handle/20.500.14071/27598
dc.language.isospa
dc.publisherUniversidad Industrial de Santander
dc.publisher.facultyFacultad de Ciencias
dc.publisher.programDoctorado en Química
dc.publisher.schoolEscuela de Química
dc.rightshttp://creativecommons.org/licenses/by/4.0/
dc.rights.accessrightsinfo:eu-repo/semantics/openAccess
dc.rights.creativecommonsAtribución-NoComercial-SinDerivadas 4.0 Internacional (CC BY-NC-ND 4.0)
dc.rights.licenseAttribution-NonCommercial 4.0 International (CC BY-NC 4.0)
dc.rights.urihttp://creativecommons.org/licenses/by-nc/4.0
dc.subjectΒ-2-microglobulina
dc.subjectCu2+
dc.subjectDinámica molecular
dc.subjectDocking proteína - proteína.
dc.subject.keywordΒ-2-microglobulin
dc.subject.keywordCu2+
dc.subject.keywordMolecular dynamics
dc.subject.keywordProtein
dc.subject.keywordProtein docking
dc.titleBases moleculares del cambio conformacional y aglomeración de la b-2-microglobulina efecto del cu+2 como mediador en la formación de fibras amiloides
dc.title.englishAbstract Molecular Basis of 3-2-microglobulin Aggregation. Effect of Cu?+ in Amyloids For- mation.
dc.type.coarhttp://purl.org/coar/version/c_b1a7d7d4d402bcce
dc.type.hasversionhttp://purl.org/coar/resource_type/c_db06
dc.type.localTesis/Trabajo de grado - Monografía - Doctorado
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