Análisis de homología estructural de las regiones carboxilo terminal de los criptocromos en diferentes especies
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Date
2008
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Publisher
Universidad Industrial de Santander
Abstract
Los criptocromos son proteínas fotorreceptoras de luz azul que se encuentran en todos los reinos de la naturaleza y son componentes esenciales de los ritmos circadianos. Comparten homología de estructura primaria con las fotoliasas (proteínas reparadoras de ADN) y conforman la familia de proteínas reparadoras de ADN/fotorreceptores de luz azul. Los criptocromos poseen una extensión carboxilo terminal adicional que no está presente en las fotoliasas, varía en longitud de aminoácidos según la especie, donde las plantas poseen la extensión más larga y los insectos la más corta. Estas regiones carboxilo terminal no presentan homología de estructura primaria entre ellas y no se conoce organización estructural secundaria o superior de las mismas, a excepción de tres de ellas donde se utilizaron métodos de predicción basados en alineamientos unidimensionales. En este trabajo se seleccionaron 76 secuencias de criptocromos, a las cuales se determinaron su extensión carboxilo terminal. Luego por medio del principio de homología secundaria de HCA se clasificaron las regiones con similitud estructural. A continuación se le hallaron sus elementos de estructura secundaria y por último, se hizo un modelamiento de la homología detectada. Como resultado se clasificaron las regiones carboxilo terminal en 14 tipos diferentes de ordenamiento estructural por HCA que al ser comparados con otros autores muestran diferencias en el arreglo conformacional secundario. En el modelamiento de la homología solo pequeños fragmentos de las regiones sometidas a predicción fueron obtenidas, regiones que no muestran relación funcional detectada hasta el momento.
Description
Keywords
Criptocromo, Región carboxilo terminal, Homología estructural, Estructura secundaria, HCA, modelamiento de homología.