Diseño de un sistema CRISPR/LbCas12a y su evaluación en detección por corte de los genes 18s, H2A y Cytb de Trypanosoma cruzi en Rhodnius pallescens silvestres (Hemiptera: Reduviidae: Triatominae).

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dc.contributor.advisorDuque Luna, Jonny Edward
dc.contributor.authorOrtiz Rodriguez, Luis Alejandro
dc.contributor.evaluatorHernandez Torres, Jorge
dc.contributor.evaluatorFuentes Lorenzo, Jorge Luis
dc.date.accessioned2024-04-24T22:04:01Z
dc.date.available2024-04-24T22:04:01Z
dc.date.created2024-04-23
dc.date.issued2024-04-23
dc.description.abstractLa enfermedad de Chagas causada por el parásito Trypanosoma cruzi es una dolencia de importancia en la salud pública. En la actualidad, los sistemas de diagnóstico del agente etiológico son diversos, abarcando desde enfoques sencillos, como la observación de frotis sanguíneo, pruebas serológicas, hasta pruebas moleculares, como la qPCR y PCR. En la búsqueda de alternativas de diagnosis que combinen eficiencia, bajo coste y precisión, se ofrece la aplicación de la tecnología CRISPR en la detección de secuencias específicas como análisis diagnóstico. El objetivo del presente trabajo consistió en diseñar un sistema de detección de ADN por corte específico utilizando la tecnología CRISPR/LbCas12a dirigido los genes Citocromo B, Subunidad ribosomal 18s y el gen de histona H2A de Trypanosoma cruzi en muestras de intestino de Rhodnius pallescens. Para ello, se implementó el sistema de corte colateral dirigido por guías de ARN diseñadas, usando amplificación por PCR y en ADN directo. La visualización del corte del amplificado, se realizó en gel de agarosa. Adicionalmente, empleando un reportero fluorescente, se evaluó el corte por espectrofotometría y confirmación visual bajo luz ultravioleta. Los resultados revelaron una eficiente capacidad de clivaje con la guía del gen Cytb, permitiendo una determinación efectiva y sensible incluso en concentraciones bajas como por ejemplo 1 ng/uL del amplificado. En contraste, en las pruebas en ADN sin preamplificación no hay evidencia del corte. El sistema CRISPR/LbCas12a con amplificación por PCR demuestró ser efectivo para la detección de Trypanosoma cruzi en el vector Rhodnius pallecens. Para que el sistema sea asequible a cualquier necesidad de laboratorio se sugiere la implementación de técnicas de amplificación isotérmica que permita reducir el tiempo de detección y la necesidad de equipamiento técnico.
dc.description.abstractenglishChagas disease caused by the parasite Trypanosoma cruzi is an important public health issue. Currently diagnostic systems for the etiological agent are diverse, ranging from simples approaches such as blood smear observation, serological tests, to molecular tests like qPCR and PCR. In the search for detection alternatives that combine efficiency, low cost and precision, the application of CRISPR technology in detecting specific sequences as a diagnostic method is proposed. The aim of this study was to design a DNA detection system by specific cleavage using CRISPR/LbCas12a technology. Targeting the genes of Trypanosoma cruzi: Citochromo B, 18s ribosomal subunit, and Histona H2A, in Rhodnius pallescens intestine samples. To achieve this, a cleavage CRISPR/LbCas12a system guided by designed RNA guides was implemented, using PCR amplification and direct DNA. Visualization of amplified cleavage was evaluated by spectrophotometry. Also, it was evaluated by visually confirmation under ultraviolet light. The results revealed an efficient cleavage capacity with the Cytb RNA guide, allowing effective visualization even at concentrations as low as 1 ng/uL of the amplified DNA. In contrast, there is no evidence of cleavage in tests on DNA without pre-amplification. The CRISPR/LbCas12a system with PCR amplification demonstrated to be effective for detecting Trypanosoma cruzi in the Rhodnius pallescens vector. Implementation of isothermal amplification techniques is suggested to reduce detection time and mitigate the necessity for technical equipment. Title: Design of a CRISPR/LbCas12a system and its evaluation for targeted cleavage detection of 18s, H2A and Cytb genes of Trypanosoma cruzi in wild Rhodnius pallescens (Hemiptera: Reduviidae: Triatominae).
dc.description.cvlachttps://scienti.minciencias.gov.co/cvlac/visualizador/generarCurriculoCv.do?cod_rh=0001710595
dc.description.degreelevelPregrado
dc.description.degreenameBiólogo
dc.description.googlescholarhttps://scholar.google.com/citations?user=OHq-wCAAAAAJ&hl=es&oi=ao
dc.description.orcidhttps://orcid.org/0000-0001-5201-0217
dc.format.mimetypeapplication/pdf
dc.identifier.instnameUniversidad Industrial de Santander
dc.identifier.reponameUniversidad Industrial de Santander
dc.identifier.repourlhttps://noesis.uis.edu.co
dc.identifier.urihttps://noesis.uis.edu.co/handle/20.500.14071/42299
dc.language.isospa
dc.publisherUniversidad Industrial de Santander
dc.publisher.facultyFacultad de Ciencias
dc.publisher.programBiología
dc.publisher.schoolEscuela de Biología
dc.rightsinfo:eu-repo/semantics/openAccess
dc.rights.accessrightsinfo:eu-repo/semantics/openAccess
dc.rights.coarhttp://purl.org/coar/access_right/c_abf2
dc.rights.creativecommonsAtribución-NoComercial-SinDerivadas 4.0 Internacional (CC BY-NC-ND 4.0)
dc.rights.licenseAtribución-NoComercial-SinDerivadas 2.5 Colombia (CC BY-NC-ND 2.5 CO)
dc.rights.urihttp://creativecommons.org/licenses/by-nc-nd/4.0/
dc.subjectChagas
dc.subjectDiagnóstico
dc.subjectCRISPR
dc.subjectLbCas12a
dc.subject.keywordChagas
dc.subject.keywordDiagnostic
dc.subject.keywordCRISPR
dc.subject.keywordLbCas12a
dc.titleDiseño de un sistema CRISPR/LbCas12a y su evaluación en detección por corte de los genes 18s, H2A y Cytb de Trypanosoma cruzi en Rhodnius pallescens silvestres (Hemiptera: Reduviidae: Triatominae).
dc.title.englishDesign of a CRISPR/LbCas12a System and Its Evaluation in Gene Cleavage Detection of 18s, H2A, and Cytb of Trypanosoma cruzi in Wild Rhodnius pallescens (Hemiptera: Reduviidae: Triatominae).
dc.type.coarhttp://purl.org/coar/resource_type/c_7a1f
dc.type.hasversionhttp://purl.org/coar/version/c_b1a7d7d4d402bcce
dc.type.localTesis/Trabajo de grado - Monografía - Pregrado
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Biología