Identificación de los polimorfismos de inserción de elementos transponibles (tips) del retrovirus endógeno humano k (herv k) y su relación con leucemia mieloide aguda (lma), por medio de análisis in sillico
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Date
2021
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Universidad Industrial de Santander
Abstract
Los retrovirus endógenos humanos (HERV) son retrotransposones LTR que se insertaron en el genoma humano mediante la infección viral exógena. A través de mutaciones, replicación y herencia mendeliana, dichos retrovirus componen actualmente el 8% del genoma humano. La familia HERVK puede tener hasta cuatro marcos abiertos de lectura (ORF) que codifican las proteínas Gag, Pro, Pol, Env/Rec/Np9, las cuales se han visto implicadas en la carcinogénesis de diferentes tipos de cáncer tales como: cáncer de ovario, próstata, mama y leucemia. Dentro de los tipos de leucemia cabe resaltar la Leucemia Mieloide Aguda (LMA), la cual es un problema a nivel mundial debido a que representa el 1% de las muertes por cáncer en Estados Unidos y tiene una tasa de supervivencia del 29,5%. Por esta razón, se presenta una metodología para identificar la asociación estadística entre polimorfismos de inserción de elementos transponibles (TIPs) de HERVK y leucemia mieloide aguda usando lecturas de secuenciación de genomas completos de pacientes y el software TIP_finder. Se encontraron 101 TIPs de HERVK asociados a la LMA en un porcentaje entre el 44,4 al 56,6%, los cuales en su mayoría (70) se encontraban ubicados en la región 8q24.13 y 8q24.21. Además, en promedio cada paciente de LMA presentaba 80 TIPs de HERVK asociados mientras que en los controles no había presencia de estos. Por otro lado, se encontró que los genes TRIB1, LRATD2, POU5F1B, MYC, PCAT1, PVT1 y CCDC26 podrían verse afectados por estas inserciones al causar desplazamiento o fragmentación de sus regiones de interés. Además, se propone una metodología para analizar la asociación entre una familia de elementos transponibles y una enfermedad específica. Finalmente, a través del análisis estadístico de X2 ( =0.05) se identificó que los TIPs de HERVK reportados en este estudio están asociados estadísticamente con la leucemia mieloide aguda.
Description
Keywords
Elementos transponibles, Retrovirus endógenos humanos, HERVK, Leucemia mieloide aguda, TIPs.