Análisis genómico de dos aislamientos de origen alimentario de Salmonella enterica resistentes a colistina

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dc.contributor.advisorRincón Cruz, Giovanna
dc.contributor.advisorRiaño Pachón, Diego Mauricio
dc.contributor.authorPereira Cardeño, Eliana Marcela
dc.contributor.evaluatorMarchant Roja, Sergio Andrés
dc.contributor.evaluatorChica, Claudia
dc.date.accessioned2022-09-26T00:35:25Z
dc.date.available2022-09-26T00:35:25Z
dc.date.created2022-09-19
dc.date.embargoEnd2024-03-19
dc.date.issued2022-09-19
dc.description.abstractS. enterica es uno de los principales patógenos transmitido por alimentos. El uso de antibióticos en animales de consumo humano ha contribuido a la aparición de Salmonella multirresistentes (MDR). En Salmonella, la resistencia a colistina es causada por sustituciones en los sistemas PmrA/B y PhoP/Q, y a través del gen de resistencia móvil a colistina (mcr). La secuenciación de genoma completo se usa cada vez más para la caracterización de S. enterica. El objetivo de este estudio fue analizar las características genómicas de dos S. enterica resistentes a colistina aisladas de pollo. El genoma completo de los aislamientos 25TBS y 33TXLD fue secuenciado. El control de calidad se realizó con FastQC, ensamblaje y anotación con Unicycler y Prokka. La genotipificación e identificación de determinantes de resistencia fue realizada usando SeqSero2, SISTR, MLST, ANI Calculator, PointFinder, ResFinder, Resistance Gene Identifier, ABRicate y Clustal Omega. El análisis de plásmidos fue hecho mediante plasmidVerify, viralVerify, PlasmidFinder, pMLST y PLSDB. El aislamiento 25TBS fue identificado como S. enterica ser. Newport ST2370 con genes y sustituciones que pueden conferir resistencia a aminoglucósidos, quinolonas, fosfomicinas, elfamicinas y polimixinas; además, se encontró el plásmido pSE81-1705-3. 33TXLD fue identificado como S. enterica ser. Infantis ST32, descrito como un clon emergente MDR asociado a aves de corral. Se detectaron determinantes de resistencia a aminoglucósidos, betalactámicos, diaminopirimidinas, fenicoles, fosfomicinas, sulfonamidas, tetraciclinas, quinolonas, elfamicinas, nitrofuranos y polimixinas. Se encontró un megaplásmido pESI con potencial conjugativo, y los plásmidos pSA20051401.5 y pSE81-1705-3. Ninguno de los aislamientos presentó genes mcr, mientras que los dos mostraron sustituciones en PmrA/B y PhoP/Q, así como genes modificadores del lipopolisacárido involucrados en la resistencia a colistina de origen cromosomal. En nuestro conocimiento este es el primer reporte de los secuenciotipos 32 y 2370, así como del megaplásmido de tipo pESI en Salmonella aislada de pollo en Colombia.
dc.description.abstractenglishS. enterica is one of the major foodborne pathogens. The use of antibiotics in food-producing animals has contributed to the emergence of multidrug-resistant (MDR) Salmonella. Whole genome sequencing is being increasingly used to characterize S. enterica. The goal of this study was to analyze the genomic characteristics of two colistin resistant S. enterica isolated from chicken. The whole genome of isolates 25TBS and 33TXLD was sequenced. Quality control was done using FastQC, assembly and annotation were performed by Unicycler and Prokka. Genotyping and resistance determinants identification were done using SeqSero2, SISTR, MLST, ANI Calculator, PointFinder, ResFinder, Resistance Gene Identifier, ABRicate and Clustal Omega. Plasmid analysis was done by plasmidVerify, viralVerify, PlasmidFinder, pMLST and PLSDB. 25TBS was identified as S. enterica ser. Newport ST2370 with genes and substitutions that could confer resistance to aminoglycosides, quinolones, fosfomycin, elfamycin and polymyxins; furthermore, it was found the plasmid pSE81-1705-3. 33TXLD was identified as S. enterica ser. Infantis ST32 with resistance determinants to aminoglycosides, beta-lactams, phenicol, fosfomycin, sulphonamides, tetracycline, quinolones, elfamycin, nitrofurans, and polymyxins. The pESI-like megaplasmid with conjugative potential, and the plasmids pSA20051401.5 and pSE81-1705-3 were found. None of the isolates carried mcr genes, while both showed substitutions in the PmrA/B and PhoP/Q systems, and lipopolysaccharide-modifying genes involved in colistin resistance by chromosomal mechanism. To our knowledge, this is the first report of sequence type 32 and 2370, and the pESI-like plasmid in Salmonella isolated from chicken in Colombia
dc.description.degreelevelMaestría
dc.description.degreenameMagíster en Microbiología
dc.format.mimetypeapplication/pdf
dc.identifier.instnameUniversidad Industrial de Santander
dc.identifier.reponameUniversidad Industrial de Santander
dc.identifier.repourlhttps://noesis.uis.edu.co
dc.identifier.urihttps://noesis.uis.edu.co/handle/20.500.14071/11806
dc.language.isospa
dc.publisherUniversidad Industrial de Santander
dc.publisher.facultyFacultad de Salud
dc.publisher.programMaestría en Microbiología
dc.publisher.schoolEscuela de Microbiología
dc.rightsinfo:eu-repo/semantics/openAccess
dc.rights.accessrightsinfo:eu-repo/semantics/openAccess
dc.rights.coarhttp://purl.org/coar/access_right/c_abf2
dc.rights.creativecommonsAtribución-NoComercial-SinDerivadas 4.0 Internacional (CC BY-NC-ND 4.0)
dc.rights.licenseAttribution-NonCommercial 4.0 International (CC BY-NC 4.0)
dc.rights.urihttp://creativecommons.org/licenses/by-nc-nd/4.0/
dc.subjectSalmonella enterica
dc.subjectresistencia antimicrobiana
dc.subjectcolistina
dc.subjectsecuenciación de genoma completo
dc.subject.keywordSalmonella enterica
dc.subject.keywordantimicrobial resistance
dc.subject.keywordcolistin
dc.subject.keywordwhole genome sequencing
dc.titleAnálisis genómico de dos aislamientos de origen alimentario de Salmonella enterica resistentes a colistina
dc.title.englishGenomic analysis of two foodborne isolates of colistin resistant Salmonella enterica
dc.type.coarhttp://purl.org/coar/resource_type/c_bdcc
dc.type.hasversionhttp://purl.org/coar/version/c_b1a7d7d4d402bcce
dc.type.localTesis/Trabajo de grado - Monografía - Maestría
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